文献类型： 中文期刊

作者： 吴泽银 ¹ ; 黄晨阳 ² ; 赵梦然 ² ; 张利姣 ² ; 姚方杰 ¹ ;

作者机构： 1.吉林农业大学园艺学院

2.中国农业科学院农业资源与农业区划研究所北方干旱半干旱耕地高效利用全国重点实验室

关键词： 白黄侧耳;全基因组测序;功能注释;菌柄长度;比较基因组分析

期刊名称： 生物技术通报

ISSN： 1002-5464

年卷期： 2025 年 41 卷 005 期

页码： 320-332

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】白黄侧耳菌株CCMSSC 04611菌柄短粗，质地硬，菌盖颜色深，但其菌柄短的分子机制尚不清楚，对其进行全基因组测序组装，并与长柄白黄侧耳基因组进行比较，分析其基因组构成、遗传变异及短柄形成的原因。【方法】提取白黄侧耳CCMSSC 04611的基因组DNA，通过对其形态特征及利用二代Illumina测序平台和三代pacbio测序平台进行基因组测序、组装和注释分析，比较其与长柄白黄侧耳基因组的差异。【结果】CCMSSC 04611二代测序获得原始测序数据为8.3 Gb，过滤掉低质量序列后约为8.29 Gb纯净数据，三代测序和组装获得7.42 Gb原始数据，过滤掉低质量序列后约为7.416 Gb纯净数据，基因组GC含量为50.85%,gap数量为0；二代和三代测序联合组装后，共获得23个1 kb以上的contig，总长度为34 635 218 bp。用二代测序数据回比率和BUSCO评估对基因组组装质量进行评价，证实基因组组装结果比较可靠。预测获得的编码基因功能注释显示，共9 999个基因被注释，其中GO和KEGG数据库中分别注释到6 331和3 052个基因。与白黄侧耳CCMSSC 00406基因组比较，两者共有基因家族数量占比均达到98.33%以上；共有功能基因数占比高于83.97%;CCMSSC 04611中特有基因家族数量为124个，特有功能基因数为1 618个，并且这些基因富集在细胞组分、催化活性、转录因子、蛋白质合成、MAPK信号转导等生物学过程中。【结论】利用Illumina测序平台和pacbio revio测序平台测序获得高质量的CCMSSC 04611基因组参考数据，发现其与长柄白黄侧耳CCMSSC 00406基因组存在特有差异基因，为进一步研究CCMSSC 04611的短柄形成的分子机制奠定了理论基础。