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甘蔗野生种割手密叶绿体基因组特征及种内系统进化关系

文献类型： 中文期刊

作者： 余熙恺 1 ; 余泽怀 1 ; 张清 2 ; 张兴坦 2 ;

作者机构： 1.广西大学农学院

2.中国农业科学院深圳农业基因组研究所

关键词： 甘蔗属;割手密;叶绿体基因组;系统发育分析;生物信息学

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN：

年卷期： 2023 年 012 期

页码： 1295-1310

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 甘蔗野生种割手密（Saccharum spontaneum）为栽培种甘蔗提供了对多种病原菌与逆境具有抗性的优良性状。本研究基于已发表的群体重测序数据，组装并注释了来自亚洲、地中海、印度次大陆、非洲等地域的64个割手密的叶绿体基因组。组装结果显示，64个叶绿体基因组平均长度为141 185.72 bp, G+C含量平均为38.4%。长单拷贝（long single-copy, LSC）区域平均长度为83 062.8 bp,短单拷贝（short single-copy, SSC）区域平均长度为12 544 bp,反向重复a/b（inverted repeat a/b, IRa/b）区域平均长度为22 789.47 bp。64个叶绿体基因组均注释到132个基因。IR区域边界分析表明割手密的IR区域较保守，序列相似度为99.9%,边界未观察到明显的扩张与收缩。对割手密叶绿体的SSR注释发现其分为单碱基重复（P1）与多碱基重复（C）类型。相对同义密码子使用度（relative synonymous codon usage, RSCU）统计表明，割手密叶绿体基因组受到环境选择压力的影响。系统进化分析揭示了割手密叶绿体的种内系统发育关系。本研究揭示了64个甘蔗野生种割手密的叶绿体基因组信息，为进一步开展甘蔗割手密种内泛基因组、核质冲突、系统发育地理学与叶绿体密码子优化算法提供理论支撑。

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