文献类型： 中文期刊
作者：
谢纯良
1
;
龚文兵
2
;
严理
2
;
朱作华
2
;
胡镇修
2
;
彭源德
3
;
作者机构： 1.中国农业科学院麻类研究所
2.;中国农业科学院麻类研究所
3.;中国农业科学院麻类研究所;
关键词： 糙皮侧耳;分泌蛋白;木质纤维素降解;信号肽;预测程序
期刊名称： 生命科学研究
ISSN： 1007-7847
年卷期： 2017 年 06 期
页码： 501-506
收录情况： CSCD
摘要： 糙皮侧耳(平菇)作为目前木质纤维素降解模式真菌,其产生的胞外分泌蛋白在植物纤维素、半纤维素及木质素降解过程中发挥着重要作用。为了给蛋白质组学鉴定糙皮侧耳胞外分泌蛋白实验提供参考,利用常见的生物信息学工具SignalP、ProtComp、TMHMM、big-PI Fungal Predictor和TargetP对糙皮侧耳全基因组中的12 186条蛋白质序列进行经典分泌蛋白预测,同时,对上述分泌蛋白的氨基酸分布、信号肽长度和切割位点以及其理化性质等进行分析。结果表明,糙皮侧耳全基因组中含有359个经典分泌蛋白,其氨基酸长度主要集中于101~600之间;信号肽长度集中在18~21之间;信号肽切割位点属于A-X-A类型,除此之外还含有5条具有RR-motif的信号肽。对这些分泌蛋白进行功能注释,结果表明225个蛋白质为未知功能蛋白质;114个为已知功能蛋白质,主要功能注释集中于木质纤维素降解酶类,包括纤维素酶、半纤维素酶、木质素降解相关酶等。以上结果表明通过上述生物信息学分析实现了对糙皮侧耳全基因组经典分泌蛋白的有效预测。
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