用于苹果树病毒鉴定的small RNA深度测序数据集
文献类型: 中文期刊
第一作者: 胡国君
作者: 胡国君;董雅凤;张尊平;范旭东;任芳
作者机构:
关键词: 苹果;病毒;鉴定;small RNA测序;生物信息学
期刊名称: 农业大数据学报
ISSN:
年卷期: 2022 年 002 期
页码: 25-29
摘要: 病毒病是为害苹果的重要致病因子,开展病毒种类鉴定是防控苹果病毒病的首要任务。由于苹果长期通过嫁接的方式进行繁育,导致树体感染多种病毒,加之苹果病毒的浓度较低,序列变异较大,致使苹果病毒种类的鉴定尤为困难。此外,现有的分子检测技术主要为聚合酶链式反应和分子杂交技术,这些技术基于已知病毒核苷酸序列为基础开展鉴定,而对于未知病毒,由于其核苷酸序列尚未测定,则无法采用这些分子技术进行鉴定。针对这一瓶颈,该文提供了一个自然生长的苹果树的small RNA (sRNA)深度测序的数据集,通过结合生物信息学方法对原始数据进行过滤、sRNA组装及Blast比对,可准确地分析和判断自然条件下病毒的种类,为苹果病毒的鉴定带来了新的突破,同时也为苹果无毒苗木的判定提供技术支撑。
分类号: S436.611.1
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