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基于RAD-seq技术分析边鸡保种群体的遗传进化

文献类型： 会议论文

第一作者： XUE Qian

作者： XUE Qian 1 ; 薛倩 1 ; 李国辉 1 ; LI Guo-hui 1 ; ZHANG Hui-yong 1 ; 张会永 1 ; YIN Jian-me 2 ;

作者机构： 1.江苏省家禽科学研究所 国家级地方鸡种基因库,江苏 扬州 225125 1

2.江苏省家禽科学研究所 国家级地方鸡种基因库,江苏 扬州

关键词： 边鸡;保种群体;遗传进化;RAD-seq简化基因组测序

会议名称： 江苏省畜牧兽医学会首届“青年科技论坛”

主办单位： 江苏省畜牧兽医学会

页码： 00000575-00000584

摘要： 目的：本研究旨在分析地方鸡种边鸡保种群的遗传多样性和遗传进化机制. 方法：利用RAD-seq简化基因组测序检测边鸡群体的SNP标记,通过计算遗传统计量,分析比较边鸡群体与其他地方鸡种群体群体的遗传差异,并对受选择的基因进行功能注释. 结果：在边鸡保种群体中鉴定出SNP标记319723个,保种群体的平均杂合度Ho为0.193,核苷酸多样度Pi为0.231,近交系数为0.167,近交水平相对较高.连锁不平衡分析表明边鸡群体各等位基因不存在强烈的连锁不平衡现象.Structure模型聚类结果表明,边鸡与大骨鸡、安义瓦灰鸡狼山鸡聚为一类,亲缘关系较近.对利用Fst和θπ检验鉴定出的前200个受到强烈选择的基因进行GO和KEGG功能注释分析,这些差异基因主要富集在代谢、神经受体—配体的相互作用、MAPK、血管内皮生长因子等信号通路. 结论：研究的结果为中国地方鸡种的遗传进化、种质特性评价及品种保护提供分子理论依据.

分类号： S831.2

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