文献类型： 中文期刊

作者： 王梦燏 ¹ ; 周成浩 ¹ ; 薛倩 ² ; 殷建玫 ¹ ; 蒋一秀 ¹ ; 张会永 ¹ ; 李国辉 ¹ ; 韩威 ¹ ;

作者机构： 1.中国农业科学院家禽研究所

2.江苏省家禽科学研究所

关键词： RADseq;SNP芯片;遗传多样性;遗传结构

期刊名称： 遗传

ISSN： 0253-9772

年卷期： 2024 年 008 期

页码： 640-648

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 我国地方鸡品种资源丰富，且在长期的选择进化过程中形成了各异的种质特性。科学评估群体遗传多样性，明确品种间遗传结构，对地方鸡品种资源的保护与创新利用具有重要价值。为了评估23K SNP芯片“酉芯一号”在地方鸡遗传多样性和遗传结构分析中的应用效力，本文利用RADseq鉴定21个地方鸡种基因组遗传变异，并研发23K芯片“酉芯一号”。基于两组SNP数据集计算各品种的遗传统计量，开展相关性、拟合及系统发育分析，以评估芯片的应用效力。结果表明，基于两组SNP数据集计算的观察杂合度（Ho）、多态信息含量（PIC）、近交系数(F_ROH)和遗传分化系数（Fst），在21个地方鸡种中趋势基本一致。琅琊鸡（LA）、瓢鸡（PJ）、文昌鸡（WC）的遗传多样性较为丰富；边鸡（BJ）、狼山鸡（LS）、固始鸡（GS）、东乡绿壳蛋鸡（DX）和北京油鸡（BY）的遗传多样性相对匮乏，两组Ho、PIC、F_ROH和平均Fst的相关系数分别为0.794、0.901、0.926和0.984，均达到极显著水平（P<0.01），且拟合度较高（P<0.001）,R²分别为0.644、0.827、0.916和0.927。针对两组SNP数据集，采用邻接法（NJ）和极大似然法（ML）构建的进化树较为合理，将21个地方鸡种总体上分为6大类，与品种的形成历史和地理分布相吻合；23K芯片对5个新增品种亦实现有效聚类，没有出现个体偏离。利用不同密度的SNP估算遗传统计量会存在一定差异，需要进行数据和分析方法的标准化，23K芯片在地方鸡遗传多样性和结构分析中具有较好的效力。