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原鸡DMRT1基因密码子偏好性与进化分析

文献类型： 中文期刊

作者： 李泽宇 1 ; 李国辉 2 ; 靳锴 1 ; 孙红艳 1 ; 李碧春 1 ;

作者机构： 1.扬州大学农业科技发展研究院/教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室

2.中国农业科学院家禽研究所

关键词： 原鸡;DMRT1基因;密码子偏好性;遗传进化;碱基突变

期刊名称： 中国畜禽种业

ISSN： 1673-4556

年卷期： 2025 年 21 卷 003 期

页码： 31-44

摘要： 为了研究原鸡DMRT1基因密码子偏好性及其影响因素以及物种间遗传进化和密码子偏好关系，试验选取了原鸡以及另外15个代表性物种的DMRT1基因作为研究对象，通过Codon W软件和EMBOSS在线网站，系统分析这些基因密码子偏好性相关的7个关键指标。使用ENC-plot和PR2-plot等方法对碱基突变等潜在影响因素进行了分析，基于各物种DMRT1基因的CDS序列信息构建了系统发育树；通过同义密码子相对使用度（RSCU）构建了不同物种的密码子使用偏好性热图，以直观展示各物种间密码子使用的差异和相似性。结果显示，DMRT1基因偏好使用以G/C结尾的密码子，而碱基突变是导致DMRT1基因偏好性产生的主要影响因素，系统发育树和热图表明，虽然密码子使用具有种属特异性，但由于受其他因素影响，亲缘关系相近的物种间密码子使用模式也会有差异。该文发现原鸡DMRT1基因的偏好性弱，其密码子在使用度上也与近缘物种有较大差异。

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