文献类型： 中文期刊

作者： 覃瑞 ¹ ; 陈贤军 ¹ ; 湛蔚 ¹ ; 向妮艳 ¹ ; 刘虹 ¹ ; 严兴初 ¹ ; 黄稳 ¹ ; 覃尔岱 ¹ ; 李刚 ¹ ;

作者机构： 1.中南民族大学武陵山区特色资源植物种质保护与利用湖北重点实验室;中国农业科学院油料作物研究所

关键词： 红花;转录组;EST-SSR;多态性;遗传多样性

期刊名称： 西南民族大学学报(自然科学版)

ISSN： 2095-4271

年卷期： 2019 年 02 期

页码： 146-154

摘要： 旨在开发红花EST-SSR标记,为红花分子辅助育种和种质资源评价提供有力工具.先对红花转录组进行测序,选用MISA软件筛选鉴定SSR位点.在云南红花(YH)转录组中,共获得46 016个SSR位点,分布频率为32.09%,平均每3.11 kb有一个SSR.云南红花SSR位点以二,三核苷酸重复基序为主,其优势重复基序分别为AG/CT(44%)和AAG/CTT(24%).SSR位点重复次数相差较大,其中重复为5次比率最高,SSR位点数为9 369(26.63%),其次为6次(8 148, 23.16%).同时,利用Primer3.0进行引物设计,随机筛选27对引物,在60份不同来源红花种质中进行多态性验证,获得12对具有多态性稳定的引物,多态性引物比率为44.4%.结果表明,基于红花转录组序列开发SSR标记是可行的,开发的标记具有稳定扩增性,丰富多态性等优点,开发的SSR标记将有助于红花功能基因挖掘,遗传连锁图谱构建和遗传多样性分析.