文献类型： 中文期刊
作者： 夏凯峰 1 ; 戚志恩 2 ; 夏思丹 2 ; 邢飞 2 ;
作者机构： 1.忠县乡村建设服务中心
2.国家柑桔工程技术研究中心/西南大学柑桔研究所
关键词： 柑橘;CEVd;基因组;种群结构;遗传变异
期刊名称： 西南农业学报
ISSN： 1001-4829
年卷期： 2025 年 38 卷 005 期
页码： 912-919
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： [目的]柑橘裂皮类病毒(Citrus exocortis viroid,CEVd)是威胁全球柑橘产业健康发展的重要病原,了解CEVd全球种群的组成及遗传变异对于有效防控病害具有重要意义.[方法]基于GenBank数据库中已登录的306条CEVd全基因组序列,对其进行多重序列比较、碱基变异分析、聚类分析及系统发育分析.[结果]相似性分析结果表明,306条CEVd序列由249种序列相似但不完全相同的变体组成,种群结构符合准种模式,以来自中国柑橘的HQ284019、来自塞浦路斯佛手柑的HF954920和柚子的HF954917为3种主流变体;与CEVd的参考序列(NC001464)相比,发现变异区域、变异碱基具有一定的偏好性,碱基转换中AG+GA间转换频率(1000次)高于CT+TC间转换频率(479次),AG转换发生频率最高(609次);碱基颠换中AT颠换发生变异频率最高(505次),CA颠换发生变异频率最低(88次);变异位点在基因组上分布不均匀,部分变异表现出地理和寄主特异性;分析变异在CEVd二级结构上分布发现,位于环状结构上的变异次数明显多于双链上,分别为3147次、1769次,并发现2个新的保守区域;使用轮廓系数评估确定聚类数为4时能够最佳反映序列数据的内部结构;Hamming距离计算结果显示,相比于其他3个Clus-ter,Cluster 4 的群内相似性较低,组内序列存在显著的遗传差异,相似性热图和系统发育树结果表明Cluster4聚类内序列的相似性分布较分散,在遗传关系上存在显著分歧,可能对CEVd的演化产生较大选择压力.[结论]研究揭示了 CEVd在进化过程中经历了较大变异,序列变异频率高,种群结构多样,为CEVd监测、防控和致病性研究提供一定的参考.
- 相关文献
[1]两株猪细小病毒分离株的分子特征分析. 戚亭,崔尚金,张超范. 2008
[2]PRRSV新亚型毒株JL580的基因组变异特征研究. 常晓博,赵款,叶超,姜成刚,王淑杰. 2015
[3]瓜类褪绿黄化病毒新疆分离物基因组分析. 彭斌,刘莉铭,刘珊珊,张以和,吉艳玲,吴洋,张学军,古勤生. 2017
[4]猪繁殖与呼吸综合征病毒基因组遗传变异研究进展. 李真光,武华. 2009
[5]柑橘贮藏过程中汁胞粒化相关miRNA的筛选及功能分析. 张晶. 2016
[6]醋酸棉酚对绵羊瘤胃液真菌多样性的影响. 王彩蝶,李钰琪,屯妮萨·麦提赛伊迪,王世昌,杨红建,杨开伦. 2019
[7]基于SSR标记的中国亚洲韧皮杆菌种群结构研究. 黄爱军,苏华楠,王雪峰,唐科志,李中安,周常勇. 2014
[8]雄性布氏田鼠繁殖的季节性特点及光周期作用. 张学昌,胡祥发,李宁,刘晓辉. 2011
[9]基于高密度SNP芯片评估"科尔沁肉牛"遗传背景. 林雨浓,马万欣,包玲玲,何曙光,石顺利,张秋生,赵澈勒格日,高会江,李俊雅,王泽昭. 2023
[10]广西三江茶树种质资源遗传多样性分析. 蒙容君,陈亮,许原,林纬,周歧伟,谢义林,赖定清,赖家业. 2023
[11]湖北烟草内生真菌生物多样性和种群结构分析. 李盼盼,袁晓龙,李金海,申国明,高林,李青诚,高加明,张鹏. 2018
[12]麦长管蚜种群在不同小麦品种与生育期上的时间格局. 李克斌,尹姣,曹雅忠. 2011
[13]牛支原体中国株的多位点序列分型. 赵萍,王展慧,陈胜利,郝华芳,张勇,殷宏,储岳峰,刘永生. 2018
[14]渤海湾菊黄东方鲀Fuguflavidus生物学的初步研究. 杨竹舫,张汉秋,匡云华. 1991
[15]紫茎泽兰的遗传多样性及其种群结构分析. 桂富荣. 2006
[16]陆地棉SSR遗传多样性及纤维品质和产量性状关联作图. Mulugeta Seyoum Ademe. 2015
[17]小麦孢囊线虫病严重威胁我国小麦生产和粮食安全. Peng Deliang,Huang Wenkun. 2009
[18]马铃薯腐烂茎线虫ISSR标记引物的筛选及反应体系的建立. 彭德良,龙海波,彭焕,王高峰. 2009
[19]不同季节布氏田鼠种群的遗传结构和多样性分析. 王大伟,丛林,黄宝欢,刘晓辉. 2009
[20]草原空中昆虫种群消长动态研究初报. 张云慧,程登发,孙京瑞. 2011
作者其他论文 更多>>
-
四川眉山柑橘叶片营养元素含量特征与评价
作者：戚志恩;邢飞;龙勇;朱礼乾;袁梦;李永安;徐海涛;席利娟;淳长品;王寿先
关键词：柑橘;叶片;矿质营养元素;分布特征;综合营养指数;眉山市
-
基于高通量测序技术鉴定青花椒花叶病病原
作者：邢飞;夏思丹;戚志恩;金畑宏;淳长品
关键词：高通量测序;青花椒花叶病;病毒鉴定;基因组特征;相关性分析
-
脆李叶片营养元素丰缺分级标准的初步研究
作者：邢飞;黄源;杨传祥;凌丽俐;王男麒;戚志恩;孔文斌;淳长品;王寿先
关键词：脆李;叶片;标准研究;营养诊断;分布规律
-
苹果坏死花叶病毒CP基因原核表达及其抗血清制备
作者：邢飞;王红清;李世访
关键词：苹果坏死花叶病毒;外壳蛋白基因;原核表达;抗血清;酶联免疫吸附分析方法
-
四川省眉山市柑橘园土壤养分状况与分布特征
作者：龚开;王男麒;戚志恩;黄福琼;彭良志;凌丽俐;朱礼乾;淳长品;龙勇
关键词：眉山;柑橘园;土壤;养分
-
利用小RNA深度测序快速鉴定草莓病毒
作者：何成勇;高德航;范灵姣;邢飞;李世访;王红清
关键词：草莓;sRNA测序;草莓白化病毒;草莓毛形病毒;RT-PCR
-
苹果茎痘病毒在山楂中的首次鉴定与序列分析
作者：高德航;何成勇;邢飞;侯婉莹;李世访;战斌慧;王红清
关键词：山楂;高通量测序;苹果茎痘病毒;基因组特征
