文献类型: 中文期刊
作者: 肖明昆 1 ; 聂恺宏 2 ; 沈绍斌 1 ; 刘倩 1 ; 段春芳 1 ; 李月仙 1 ; 张林辉 1 ;
作者机构: 1.云南省农业科学院热区生态农业研究所
2.四川省广元市昭化区林业局
关键词: 复羽叶栾树;叶绿体基因组;密码子偏好性;最优密码子
期刊名称: 西南林业大学学报(自然科学)
ISSN: 2095-1914
年卷期: 2023 年 003 期
页码: 56-63
收录情况: 北大核心
摘要: 为明确复羽叶栾树叶绿体基因组密码子的使用模式,以筛选到的52条CDS蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等获取复羽叶栾树密码子的GC、RSCU、ENC等参数,并进行中性绘图、PR2-plot和最优密码子分析。结果表明:复羽叶栾树密码子不同位置上的GC含量表现为GC1(47.27%)>GC2(39.49%)>GC3(29.84%),且有29个密码子RSCU>1,其中有28个以A/U结尾,表明密码子偏好以A/U结尾。有效密码子数ENC值在36~61之间,密码子使用偏性较弱。ENC与GC3间具有极显著的相关关系,表明密码子第3位上的碱基组成影响密码子使用偏好性。中性分析结果显示,GC3与GC12间无显著的相关关系(r=0.198,P>0.05),回归系数为0.265 2,说明选择对密码子使用偏好性有重要影响。ENC-plot分析和奇偶偏好性分析表明,密码子偏性也受到其他因素影响。综合分析发现复羽叶栾树叶绿体基因组密码子偏好性较弱,选择为主要影响因素,同时受到其他因素的影响。最终确定CUU、GUU、AGU、GCA、CAA、CAU、AAA、GAU、CGU、CGA、GGU、GGA共12个为最优密码子。
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