文献类型: 中文期刊
作者: 李亚麒 1 ; 黄家雄 1 ; 娄予强 1 ; 付兴飞 1 ; 王健敏 2 ; 李亚男 1 ; 吕玉兰 1 ; 李贵平 1 ; 程金焕 1 ;
作者机构: 1.云南省农业科学院热区生态农业研究所
2.云南省农村科技服务中心
关键词: 小粒咖啡;铁皮卡;叶绿体基因组;密码子偏好性;最优密码子
期刊名称: 西北林学院学报
ISSN: 1001-7461
年卷期: 2023 年 002 期
页码: 92-99
收录情况: 北大核心 ; CSCD
摘要: 为了解铁皮卡叶绿体基因组密码子的使用特征及其成因,以筛选的52条蛋白编码序列为研究对象,利用CodonW和CUSP在线软件对其密码子使用特征进行系统分析。结果表明,基因组各位置的GC含量GC1、GC2、GC3分别为47.47%、39.52%、27.92%,30个高频密码子中,以U结尾占比53.33%,以A结尾占比43.33%,以G结尾占比3.33%,说明铁皮卡叶绿体基因偏好使用NNA和NNU型密码子,尤其偏好使用NNU型密码子。有效密码子数(ENC)、密码子适应指数(CAI)、最优密码子频率(Fop)分别为46.85、0.167、0.352,均揭示该基因组的密码子偏性较弱。中性绘图、ENC-plot、PR2-plot以及对应分析揭示密码子的偏好性受到选择及其他因素共同作用,最终确定了AUU、GUU和UCU等20个最优密码子。表明铁皮卡叶绿体基因组密码子的偏性较弱,偏好AU结尾的密码子。密码子的使用偏好性受到突变及选择等多种作用共同影响。
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