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基于单拷贝SNP标记的棉花杂交种纯度高通量检测技术

文献类型： 中文期刊

作者： 匡猛 1 ; 王延琴 2 ; 周大云 2 ; 马磊 2 ; 方丹 2 ; 徐双娇 2 ; 杨伟华 2 ; 魏守军 2 ; 马峙英 3 ;

作者机构： 1.棉花生物学国家重点实验室河北基地/河北农业大学农学院;中国农业科学院棉花研究所

2.中国农业科学院棉花研究所

3.棉花生物学国家重点实验室河北基地/河北农业大学农学院

关键词： 棉花;杂交种;SNP;高通量;纯度

期刊名称： 棉花学报

ISSN： 1002-7807

年卷期： 2016 年 28 卷 03 期

页码： 227-233

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用有代表性的材料进行SNP位点的全基因组扫描分析与综合评估,基于KASP技术开发1套适用于我国棉花杂交种纯度高通量检测的核心SNP组合。从63K的棉花全基因组芯片中筛选获得具有单拷贝特性的SNP标记分别为5474个(中棉所TM-1基因组版本)和1850个(南京农大TM-1基因组版本)。根据芯片扫描分析结果,权衡考虑位点多态性、分型效果、纯合率与杂合率等因素,最终从每条染色体上优选1个杂交种杂合率高且分型效果理想的核心SNP位点,合计26个。采用KrakenTM软件将SNP位点转化成KASP标记,利用SNPline平台进行SNP分型检测,实现了对大量样品的高通量基因分型,尤其适用于品种纯度快速检测,为SNP标记技术在棉花品种鉴定及指纹数据库构建等方面的应用奠定基础。

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