文献类型： 中文期刊
作者： 李慧彤 1 ; 刘丹 1 ; 高建帅 1 ; 唐新月 2 ; 张博源 1 ; 蒋卉 1 ; 范学政 1 ; 张广智 1 ; 丁家波 1 ; 沈青春 1 ; 熊涛 3 ;
作者机构： 1.中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
2.北京三元集团畜牧兽医总站
3.长江大学生命科学学院
关键词： 转录组测序;核糖体RNA;消减策略
期刊名称： 中国畜牧兽医
ISSN： 1671-7236
年卷期： 2025 年 52 卷 011 期
页码： 5030-5039
收录情况： 北大核心
摘要： 转录组测序(RNA sequencing,RNA-Seq)技术是一种能从细胞内基因和调控元件的转录水平揭示各种复杂生物学现象的有力工具,在农业育种、品种资源、营养代谢及医学等领域的应用十分广泛.核糖体RNA(rRNA)占细胞总RNA的80%以上,若直接对样品进行RNA-Seq建库测序,获得的测序数据超过90%来自rRNA,因此很难检测到各类低丰度RNA.rRNA消减技术能大大提高RNA-Seq技术的基因检测效率和敏感性,并能对低丰度非编码RNA进行定量检测,为揭示一些复杂的生物学机制提供更为精准的数据支持,而该技术在RNA-Seq建库中的作用常常没有得到应有的重视,导致部分测序数据不能反映样品的真实值.笔者对RNA-Seq中几种rRNA消减策略进行了概述,包括Olig dT磁珠捕获法、"拉出"法、RNase H选择性消减法和耐热双特异性核酸酶(DSN)选择性消减法,以及非随机引物反转录法、RNA阻断引物法等,并对各自的优劣势进行了比较,旨在为采用RNA-Seq技术的研究人员选择最合适的rRNA消减策略提供参考,为获得最接近样品真实值的研究数据提供支持和参考,以更好地服务于科学研究和技术创新.
- 相关文献
[1]连作介导的药用植物及其根际微生态灾变机制研究展望. 陈爱国,李明杰,张宝,王峰吉,古力,冯法节,刘红燕,张重义. 2016
[2]基于RNA-Seq的棉花纤维转录组分析. 杨江涛,王旭静,吕少溥,唐巧玲,王志兴. 2014
[3]转录组测序及其在昆虫研究中的应用. 尹姣,曹雅忠,仵均祥,李克斌. 2014
[4]基于RNA-seq的马铃薯抗旱相关基因挖掘与分析. 秦军红,简银巧,卞春松,徐建飞,李广存,金黎平. 2019
[5]水貂外周血淋巴细胞转录组RNA-Seq数据的de novo拼接和信息比对研究. 易立,仝明薇,程世鹏,孙长英,王文宪. 2014
[6]草地螟气味结合蛋白LstiOBP29的序列及RT-qPCR分析. 魏红爽,刘乙良,刘聪鹤,李克斌,张帅,曹雅忠,尹姣. 2016
[7]高淀粉马铃薯块茎发育的转录组分析. 石瑛,王金明,黄越,李广存,金黎平. 2019
[8]基于新一代测序技术的小麦抗病基因定位研究策略. 徐晓丹,范洁茹,周益林. 2015
[9]家蚕竹色茧新突变体中肠组织转录组分析. 刘龙山,唐顺明,王鑫凯. 2017
[10]基于基因共表达网络的茶树氮素吸收关键基因挖掘. 王丽鸳,张芬,韦康,阮丽,吴立赞,成浩. 2018
[11]高低产蛋鸭卵巢转录组测序及差异表达基因比较分析. Liu Hongxiang,刘宏祥,Tao Zhiyun,陶志云,Song Weitao,宋卫涛,Zhu Chunhong. 2019
[12]家蚕茧丝相关性状的研究进展. 刘娜,李娟,秦笙,李木旺. 2016
[13]大猿叶甲转录组测序及生物学信息分析. 沙君雪,迟宝岩,张金波,李阳阳,史琛琛,倪鹤嘉,李海涛,高继国. 2018
[14]基于转录组测序的牧草分子标记开发研究进展. 郑玉莹,谢文刚. 2020
[15]NaCl胁迫下黑果枸杞转录组测序分析. 马彦军,段慧荣,魏佳,Richard John Tiika,单立山,马瑞. 2020
[16]棉铃虫Bt抗感品系的转录组差异表达分析. 刘运泽,张丹丹,曲爱军,郑方强,萧玉涛. 2019
[17]水分胁迫下水稻对褐飞虱转录组的影响. 谭椰,徐文彦,周文武,鹿东东,商晗武,祝增荣. 2017
[18]大丽轮枝菌蛋白激发子PevD1激活本生烟促分裂原活化蛋白激酶MAPK. 贾丰莲,李泽,梁颖博,李广悦,杨秀芬. 2020
[19]基于RNA-Seq筛选ALV-J感染汶上芦花鸡肝差异表达致病相关基因. 张会永,吴井生,杨剑波,俞燕,薛倩,殷建玫,朱云芬,朱静,苏一军,李国辉,韩威. 2020
[20]鸭胚胎发育中后期胸肌发育阻滞的RNA-seq分析. 刘宏祥,徐文娟,朱春红,陶志云,宋卫涛,章双杰,李慧芳. 2018
作者其他论文 更多>>
-
犬种布鲁氏菌标准阳性血清的研制与应用
作者：吕浪;冯宇;杨柏琼;杜鹃;蒋玉军;乌日恒;王拥军;蒋卉
关键词：犬种布鲁氏菌;阳性血清;效价标定;血清凝集试验;间接ELISA
-
皖江平原冬闲田油菜扩种空间潜力及影响因子研究
作者：陈实;黄银兰;陈家芳;刘丹;杨梦婷;陈亦辉;张驰;邹金秋
关键词：冬闲田;冬油菜;MaxEnt模型;空间潜力;皖江平原
-
羊种布鲁氏菌链霉素耐受基因筛选及鉴定
作者：周师众;袁雅琴;宁文晴;薛天骐;杨晓雯;丁家波
关键词：羊种布鲁氏菌;链霉素;Ⅳ型分泌系统;VirB操纵子
-
一种羊种布鲁氏菌复方新诺明耐药株荧光定量PCR检测方法的建立
作者：杨晓雯;宁文晴;周师众;袁雅琴;侯雪新;丁家波
关键词：羊种布鲁氏菌;复方新诺明;全基因组SNPs;MGB探针
-
布鲁氏菌感染与宿主细胞程序性死亡博弈
作者：叶建新;冯宇;李燕;许霄峰;郇喻;范学政;沈青春;鑫婷;蒋卉;张广智;丁家波
关键词：布鲁氏菌;免疫逃避;程序性细胞死亡;凋亡;焦亡;自噬
-
鸭源巴氏杆菌的分离鉴定及致病性研究
作者：刘丹;冯雅婷;陈宗超;朱敏;郭容;王桂军;于圣青
关键词：鸭源巴氏杆菌;分离;鉴定;耐药性;致病性
-
山羊肺泡巨噬细胞永生化建立与表型鉴定
作者：张文鑫;丁一格;孙嘉媛;王欣慧;刘真;丁家波
关键词：SV40LT;慢病毒;布鲁氏菌;攻毒模型;流式细胞术
