下属机构
中国农业科学院茶叶研究所
研究主题：园艺、茶树、茶叶、植物种质资源、植物遗传育种、植物生理生态与栽培、植物保护、生物防治、农产品加工、食品科学、农产品质量安全、农业标准、质量检测。
简介：中国农业科学院茶叶研究所成立于1958年，位于浙江省杭州市，是我国惟一的国家级茶叶综合性科研机构，农业部茶叶质量监督检验测试中心、杭州中农质量认证中心设在我所。研究领域涵盖茶叶产前、产中、产后各环节，以茶树种质资源和遗传育种、茶树营养生理、茶树有害生物防治、现代茶叶加工工程、茶叶化学成分、茶树生物技术、茶叶质量标准与安全等为研究重点。
中国农业科学院上海兽医研究所
研究主题：动物医学、兽医病理学、兽医生物技术、动物传染病学、动物寄生虫病、动物疫病防控、动物疫病诊断、兽医公共卫生、兽药、兽医生物制品、家禽。
简介：中国农业科学院上海兽医研究所位于上海市，前身为成立于1964年的中国农业科学院家畜血吸虫病研究室，1982年改名为中国农业科学院上海家畜血吸虫病研究所，1989年更名为中国农业科学院上海家畜寄生虫病研究所，2006年更名为中国农业科学院上海兽医研究所，主要开展动物传染病、动物寄生虫病和动物药物研究。
中国农业科学院草原生态研究所
研究主题：草业科学、植物遗传育种、植物保护、植物生理生态与栽培、草地生态、动物营养与饲料、农业遥感、草地资源、草地保护。
简介：草原生态研究所前身为1981年任继周院士创办的甘肃省草原生态研究所，2001年5月加挂中国农业科学院草原生态研究所牌子，2002年4月并入兰州大学成立草地农业科技学院，甘肃省草原生态研究所和中国农业科学院草原生态研究所的名称继续使用。以草业科学领域基础研究和应用研究为主，同时强化科研成果的转化，主要设以下研究方向：草地农业生态系统学、草地资源管理与遥感监测、栽培草地管理、草类植物保护学、草类植物逆境生理与分子生物学、草类植物育种与种子学、草原生态化学、反刍动物营养与饲料科学、草坪学、草业经济学。
农业部沼气科学研究所
研究主题：农业工程、生物质能源、沼气、应用微生物、农业机械、质量检测。
简介：农业部沼气科学研究所位于四川省成都市，成立于1979年，1997年后直属中国农业科学院领导。主要开展沼气厌氧微生物基础及应用基础理论研究，沼气发酵工艺及装置，大型畜禽养殖场废弃物、工业有机废液和城镇生活污水厌氧消化处理及达标排放处理研究，农村能源、生态建设技术及有关政策研究和生物质能资源综合利用技术研究。有比较成熟的农村户用沼气池新池型、新工艺，高浓度有机废水处理及其达标排放技术，畜禽养殖场粪污处理技术以及农作物秸秆沼气供气站发电技术。收集并保藏了约300株兼性和专性的厌氧微生物。
中国农业科学院果树研究所
研究主题：园艺、果树、植物种质资源、植物遗传育种、植物生物技术、植物生理生态与栽培、植物保护、农产品加工、果制品、保鲜与贮藏、农产品物流、农产品质量安全、苹果、梨、质量检测。
简介：中国农业科学院果树研究所位于辽宁省兴城市，成立于1958年3月，是我国最早建立的国家级果树研究机构。拥有果树种质资源、果树遗传育种与生物技术、果树栽培与生理、果树植物保护、果品贮藏保鲜与加工、果品质量安全等学科。主要从事落叶果树的产前、产中、产后等领域的科学技术研究。
中国农业科学院草原研究所
研究主题：草业科学、植物种质资源、植物遗传育种、草地保护、草地资源、草地生态、农业机械、农业遥感。
简介：中国农业科学院草原研究所成立于1963年，位于内蒙古呼和浩特市。以我国的４亿公顷草地为研究对象，以解决草地生态环境问题、提高草地生产力等重大科学技术问题为主攻方向，着重研究牧草遗传资源与育种，天然草地保护与改良，人工草地建植与管理技术，草地鼠虫病害、雪灾、火灾等灾害监测与综合防控，草地生产力的动态监测与评价，草地综合发展与宏观决策研究；饲草料加工、调制及反刍动物营养；草地改良与牧草加工机械的研制和草产品开发及城市草坪绿化等。
中国农业科学院家禽研究所
研究主题：畜牧、动物医学、家禽、动物遗传育种、动物繁殖、动物生物技术、动物种质资源、动物疫病防控、动物营养与饲料、质量检测。
简介：中国农业科学院家禽研究所(暨江苏省家禽科学研究所)组建于1959年，位于江苏省扬州市，是以家禽种质资源保护及评价、家禽遗传育种与种禽扩繁、家禽品种性能测定与品质监督检验、家禽重大疫病研究与防治、家禽业信息服务与决策咨询等为主要研究任务的公益性研究机构，2002年11月实现与中国农业科学院的共建。形成了种质资源、品种繁育、生物技术、质量安全、禽病防治、生物安全、信息工程、饲料营养、水禽育种等9大研究学科。 【人员组成】在职研究人员103人，其中研究员21人，副研究员15人，博士11人，硕士37人。
中国农业科学院烟草研究所
研究主题：农学、烟草、植物种质资源、植物遗传育种、植物生物技术、植物营养与施肥、植物保护、农产品加工、烟草制品、转基因生物安全、质量检测。
简介：中国农业科学院烟草研究所位于山东省青岛市，成立于1958年，1959年同时定名为山东省烟草研究所，是我国唯一的全额拨款国家级烟草农业科研事业单位。承担烟草遗传育种、生物技术、作物营养与施肥、作物栽培与耕作学、植物保护、烟草化学、烟草调制加工、吸烟与健康等8个专业领域的研究任务。保存烟草种质资源4042份。是中国烟草遗传育种研究（北方）中心、中国烟草种质资源平台、中国烟草病虫害预测预报及综合防治中心、中国烟草青州原种繁殖基地等14个国家和部级创新平台的挂靠单位。
中国农业科学院蜜蜂研究所
研究主题：蜂、动物遗传育种、动物种质资源、农业昆虫学、食品科学、农产品加工、蜂产品、农产品质量安全、农业机械、质量检测。
简介：中国农业科学院蜜蜂研究所位于北京市，成立于1958年9月，原名中国农业科学院养蜂研究所，1989年12月改为现名。研究方向和任务是：以提高我国养蜂业经济效益和社会效益，推动养蜂科学技术现代化为目标，开展应用基础研究和探索高新技术在蜂业科学上的应用。研究领域涉及养蜂业产前、产中、产后各个阶段，包括优质高产高效蜜蜂饲养技术与蜂机具设备、蜜蜂遗传育种、蜜蜂病虫敌毒害防治、蜂种资源及为农业授粉增产、蜂产品化学及综合深加工利用、蜂产品质量安全与检测等。
