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谷子生长调节因子互作因子基因家族生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 张立全 1 ; 张浩林 1 ; 李丛丛 1 ; 魏建华 1 ; 张杰伟 1 ;

作者机构： 1.北京市农林科学院农业生物技术研究所/农业基因资源与生物技术北京市重点实验室

关键词： 谷子;生长调节因子互作因子;基因家族;进化分析

期刊名称： 福建农业学报

ISSN：

年卷期： 2021 年 008 期

页码： 878-883

收录情况： CSCD

摘要： 【目的】生长调节因子互作因子（GRF-interacting factor,GIF）是植物体内一类转录共激活因子,在植物生长发育和逆境胁迫中起重要作用。通过系统分析谷子GIF基因家族的组成、各成员的结构以及进化关系,为GIF基因调节机制研究提供参考。【方法】利用谷子基因组数据库,采用生物信息学的方法,鉴定谷子GIF基因家族的基因结构、染色体定位,编码蛋白相似性、二级结构、跨膜区和磷酸化位点预测,通过序列比对进行进化和分类分析。【结果】谷子含有3个GIF基因,均含有4个外显子,分布于第3、8和9号染色体上。编码SiGIF1蛋白和SiGIF2蛋白相似性最高,为72.04%,SiGIF1蛋白和SiGIF3蛋白相似性最低,为37.08%。二级结构分析显示,谷子GIF蛋白无规则卷曲占比最高（41.56%～56.60%）,其次为α-螺旋（34.43%～35.50%）,再次为β-转角（5.19%～11.69%）,β-折叠最低（3.23%～11.26%）。TMHMM跨膜区进行分析显示,谷子GIF蛋白均不含有跨膜区。MEME保守基序分析显示,谷子GIF蛋白均含有保守的SSXT （PF05030）结构域。磷酸化位点预测分析表明谷子GIF蛋白均含有潜在磷酸化位点。【结论】谷子GIF基因家族的基因结构、磷酸化位点预测等生物信息学分析结果将为揭示谷子GIF基因家族在谷子生长发育过程中的功能提供重要的线索。

  • 相关文献

[1]谷子eIF5A基因家族鉴定与分析. 张杰伟,秦新月,陈亚娟,刘婧,崔进荣,姚磊,魏建华. 2018

[2]谷子GRF基因家族鉴定与分析. 张立全,张浩林,李丛丛,姚磊,魏建华,张杰伟. 2021

[3]杨树磷酸肌醇特异性磷脂酶C基因家族鉴定与分析. 张杰伟,丁莉萍,陈亚娟,王宏芝,魏建华. 2016

[4]兰花eIF5A基因家族鉴定与生物信息学分析. 张杰伟,汤久杨,陈兰芬,王宁琳,王宏芝,魏建华. 2017

[5]毛果杨CBF/DREB1基因家族生物信息学分析. 丁咚,陈亚娟,崔进荣,魏建华,张玉红,张杰伟. 2018

[6]榛属ycf1基因生物信息学分析. 卫永乐,温志芳,刘芳,张杰伟,黄武刚,兰彦平,程丽莉,曹庆昌,胡广隆. 2018

[7]粗山羊草JAZ基因家族的全基因组鉴定与分析. 王玉昆,苑少华,苑国良,段文静,王鹏,廖祥政,陈兆波,王娜,王拯. 2016

[8]近30年我国谷子生产时空变化与区域优势研究. 刘杰安,王小慧,吴尧,贾浩,尹小刚,史磊刚,褚庆全,陈阜. 2019

[9]利用全生育期极度干旱法鉴定谷子抗旱资源. 刘婧,徐杰,张立全,王根平,范光宇,张杰伟,张婷,王峰,王晓明,李丛丛,冯小磊,魏建华,程汝宏,姚磊. 2018

[10]谷子SiMAPK3基因的克隆和表达特性分析. 王海龙,李雨倩,王勃,邢国芳,张杰伟. 2023

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