文献类型: 中文期刊
作者: 戴丽荷 1 ; 褚晓红 1 ; 陈晓宇 1 ; 杨娜娜 1 ; 黄孙平 1 ; 徐如海 1 ;
作者机构: 1.浙江省农业科学院畜牧兽医研究所/浙江省畜禽遗传育种工程技术研究中心
关键词: SNP芯片;淳安花猪;遗传多样性;群体结构;家系
期刊名称: 养猪
ISSN: 1002-1957
年卷期: 2021 年 006 期
页码: 59-64
摘要: 利用Illumina CAUPorcine 50K SNP芯片检测54头淳安花猪的单核苷酸多态性(SNP),分析群体遗传多样性和群体结构。结果显示,共检测到44 739个SNP位点,个体的平均基因型检出率为98.49%;通过质控的SNP位点有32 713个,其中54.3%具有多态性;平均有效等位基因数为1.355,平均多态信息含量为0.193,最小等位基因频率平均为0.143;平均观察杂合度为0.254,平均期望杂合度为0.257;平均IBS(状态同源)遗传距离为0.212 9,其中公猪为0.233 9;ROH(基因组长度纯合片段)共有2 646个,65%的长度在400~700 Mb之间,平均近交系数为0.199;54头淳安花猪可划分为6个家系,各家系的个体数量差异明显。综上所述,淳安花猪保种群体的杂合度低,近交程度高,家系少,各家系的个体数量差异大,容易引起遗传多样性的丢失。在后续保种过程中,应根据划分的家系进行选种选配或引入血统,以确保淳安花猪遗传资源的长期保护。
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