您好，欢迎访问中国农业科学院 机构知识库！

全部

  • 全部
  • 标题
  • 学者
  • 机构
  • 关键词

梅花鹿与欧洲马鹿染色体水平基因组的比较研究

文献类型： 中文期刊

作者： 唐丽昕 1 ; 王天骄 1 ; 刘华淼 1 ; 张然然 1 ; 邢秀梅 1 ;

作者机构： 1.中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物重点实验室

关键词： 梅花鹿;欧洲马鹿;染色体水平基因组;比较基因组学

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN：

年卷期： 2021 年 002 期

页码： 376-388

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在从基因组层面揭示梅花鹿与欧洲马鹿的起源进化,找到与进化过程相关的信号通路并与表型进行关联。本试验以成年雌性梅花鹿与成年雄性欧洲马鹿染色体水平基因组作为研究对象,利用比较基因组学的方法对梅花鹿和欧洲马鹿基因组进行染色体共线性分析,获得两个物种间基因组序列的同源关系和基因组发生的染色体倒位现象,并对被倒位截断和在倒位内部未被截断的两类基因分别进行GO和KEGG功能富集分析;同时对两个物种染色体上的基因进行共线性分析,识别二者基因组间的直系同源区域,检测直系同源基因,估算两个物种的分化时间。结果显示,梅花鹿与欧洲马鹿基因组表现出同源性,有27条染色体的同源性在95%以上;通过基因组的比对确定了梅花鹿的23号染色体是X染色体;而对染色体倒位的统计及基因的GO和KEGG功能富集分析发现,梅花鹿基因组共有37 847个倒位,片段长度为1～5 kb的倒位数目最多;而倒位涉及基因的GO功能富集的生物学过程及分子功能有嗅觉中化学刺激的检测、嗅觉感觉、嗅觉感受器活动、信号传感器活动;KEGG富集的是嗅觉传导信号通路。而梅花鹿与欧洲马鹿基因共线性分析共检测出79个同源区段,12 629个直系同源基因,利用同源基因的同义突变率（Ks）估算出梅花鹿与欧洲马鹿的分化时间是0.318 MYA （millions of years ago）。本研究利用比较基因组学的方法,获得了梅花鹿与欧洲马鹿基因组间的同源关系以及两个物种染色体倒位现象,通过功能富集分析发现,染色体倒位与嗅觉表型有关,为鹿属动物染色体进化的研究提供新的理论基础。

  • 相关文献

[1]模式生物与比较基因组学研究进展. 景志忠,才学鹏,李辉. 2004

[2]基于比较基因组学分析苏云金芽胞杆菌防治蛴螬的相关功能基因. 黄颖,王奎,束长龙,张杰. 2018

[3]PCR-SSCP技术与比较基因组学结合定位棉花Li1基因. 杨芬,曹跃芬,代华琴,蒋玉蓉. 2016

[4]印第安纳沙门菌环介导等温扩增检测方法的建立. 龚建森,徐敬潇,付立霞,张笛,董永毅,徐步,窦新红. 2021

[5]植物比较基因组学的研究进展. 黎裕,王天宇,贾继增. 2000

[6]昆虫学研究进入基因组学时代. 谷少华,李显春. 2016

[7]比较基因组学及其应用. 宋雪梅,李宏滨,杜立新. 2006

[8]昆虫学研究进入基因组学时代. 谷少华,李显春. 2016

[9]产毒真菌基因组研究进展. 王龑,刘阳,刘伊宁. 2015

[10]水貂毛色关联TYRP2基因编码区序列鉴定及比较基因组学分析. 宋兴超,刘琳玲,杨童奥,丛波,刘宗岳,彭英华. 2020

[11]Pseudomonas stutzeri A1501基因组结构及功能注释. 燕永亮,杨剑,窦岳坦,平淑珍,王忆平,金奇,林敏. 2008

[12]我国家养雉鸡线粒体基因组的比较及系统发育研究. 吴琼,杨福合,宁浩然,涂剑锋,荣敏,徐佳萍,杨颖,邢秀梅. 2015

[13]猪CTNNB1基因的克隆及在不同组织中的表达分析. 伍晓雄,杨锷,戴汉川,唐中林,赵京杨,曾翠平,龙良启,吴健,徐在言,李奎. 2008

[14]PseudomonasstutzeriA1501基因组结构及功能注释. 燕永亮,杨剑,窦岳坦,平淑珍,王忆平,金奇,林敏. 2008

[15]烟草基因组知识篇: 6.比较基因组学. 王卫锋. 2010

[16]国际马铃薯和番茄基因组测序进展. 贺俊,张忠华,李颖,杜永臣,屈冬玉,黄三文. 2008

[17]玉米比较基因组学研究进展. 黎裕,王天宇. 2004

[18]猪原癌基因JunB的电子克隆及比较基因组学分析. 冯爱芹,何晓红,叶绍辉,姚娜,董坤哲,康晔,马月辉. 2012

[19]禾谷镰刀菌基因组学研究进展. 邱德文,蒋伶活. 2009

[20]模式生物基因组研究进展. 景志忠,才学鹏. 2004

作者其他论文 更多>>
置顶
购物车
反馈

© 京ICP备09089781号-29 主办单位：中国农业科学院

学术资源： 中国农业科学院 农业专业知识服务系统 农科联盟资源共建共享平台 中国农业科技文献与信息服务平台 中国农业期刊集成服务平台