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紫芝基因组rDNA序列特征及ITS2二级结构比较

文献类型： 中文期刊

作者： 陈体强 1 ; 徐晓兰 2 ; 石林春 2 ; 应正河 2 ; 钟礼义 2 ;

作者机构： 1.福建省农业科学院食用菌研究所

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关键词： 基因组;完整rDNA;基因内间隔区;ITS2二级结构;紫芝

期刊名称： 菌物学报

ISSN： 1672-6472

年卷期： 2023 年 42 卷 001 期

页码： 330-343

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 紫芝栽培品种'紫芝S2'(武芝2号)的ITS序列与NCBI数据库中5个紫芝菌株/分离株相似度高达99.79%-100%,在系统进化树上相聚成一类.本研究预测'紫芝S2'基因组与参考基因组中的rRNA基因簇,分析rDNA结构及各构件序列间的多态性.从高质量'紫芝S2'基因组中挖掘得到完整rDNA,序列全长40.377 kb,由4组串联重复的(18S、5.8S、28S、5S)rRNA基因簇组成,并含有完整的基因内间隔区(ITS1、ITS2)和基因间间隔区(IGS1、IGS2).在紫芝S2的rDNA中,高度保守的28SrRNA基因间出现3个SNP和2个插入(1bp,10bp)位点;虽然第4条ITS2中有1个SNP位点,但紫芝S2的4条ITS2在二级结构上的分子形态高度一致,与ITS2数据库中其他紫芝菌株仅存在螺旋区间夹角的微小差异.由'紫芝S2'基因组rDNA的ITS2生成的DNA条形码与二维码,可以作为该栽培品种鉴定与同源物种其他菌株鉴别的分子标记.

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