文献类型： 中文期刊

作者： 甘颖 ¹ ; 袁滨 ² ; 韩星 ¹ ; 林俊彬 ¹ ; 苗人云 ¹ ; 段昕莲 ¹ ; 严俊杰 ¹ ; 甘炳成 ¹ ;

作者机构： 1.中国农业科学院都市农业研究所

2.漳州市农业科学研究所

关键词： 侧耳;核基因组;密码子偏好性;选择压力;异源表达

期刊名称： 菌物学报

ISSN：

年卷期： 2023 年 006 期

页码： 1285-1297

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了解3种侧耳属真菌基因组密码子的使用偏性及影响因素，本研究以糙皮侧耳、刺芹侧耳和白灵侧耳基因组CDS序列为研究对象，通过生物信息学方法对3种侧耳密码子使用偏性进行了分析。结果表明，3种侧耳基因组总碱基组成差异小，GC含量高。RSCU、RFSC分析表明糙皮侧耳G/C结尾的偏好密码子的比例最高（82.14%），并且有3个特有偏好密码子。3种侧耳共有偏好密码子25个，以G/C结尾的占80%；共有高频密码子3个，均以G/C结尾。密码子相似性分析表明3种侧耳密码子使用模式比较相似（相似性指数均小于0.001），其中刺芹侧耳与白灵侧耳的相似性最高（相似性指数为0.000259014）；且3种侧耳密码子的使用频率与灰盖鬼伞和金针菇较为接近。PR2-plot、ENc-GC3和中性绘图分析表明3种侧耳密码子偏好性使用主要受自然选择影响，在一定程度上也受碱基突变压力和其他因素影响。上述结论为分析侧耳真菌的进化规律及选择最佳异源表达受体系统提供了依据。