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猪沙波病毒CH430株p70基因克隆与生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 刘伟 1 ; 王恩丽 1 ; 柳纪省 1 ; 杨彬 1 ; 兰喜 1 ;

作者机构： 1.中国农业科学院

关键词： 猪沙波病毒;非结构蛋白p70;克隆;生物信息学分析

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2014 年 29 卷 03 期

页码： 46-51

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用RT-PCR方法从猪沙波病毒CH430株中克隆出非结构蛋白p70基因并测序,结果显示,p70基因全长1 995 nt,编码665个氨基酸,经同源性比对及遗传进化树分析表明,CH430株为基因Ⅲ型沙波病毒毒株。生物信息学分析显示该蛋白理论等电点(pI)为5.96,理论分子质量为72 876.6 u;其序列上共发现25个磷酸化位点,分别为Ser(6)、Thr(13)、Tyr(6),而蛋白的磷酸化与信号传导有关,预测该蛋白为一重要的信号传导分子;无信号肽和跨膜区;该蛋白含有胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶和RdRp功能域;胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶功能域核心结构为1个由7个β折叠形成柱状结构和1个由1个α螺旋和7个β折叠扭曲平行形成1个不完全的桶状结构共同组成,RdRp功能域核心结构为1个具有3个子结构域空间结构,该结构与右手掌在形态上非常相似,而3个子结构域也被认为是手指、手掌和拇指。

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