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全基因组关联分析定位与挖掘小麦氮高效基因

文献类型: 中文期刊

作者: 赵超男 1 ; 王金凤 1 ; 张玉 1 ; 张丽 1 ; 李瑞琦 1 ; 王鹏飞 1 ; 李鸽子 1 ; 张宏军 2 ; 虞波 1 ; 康国章 1 ;

作者机构: 1.河南农业大学

2.中国农业科学院作物科学研究所/作物分子育种国家工程实验室

关键词: 小麦;氮效率;全基因组关联分析;候选基因;挖掘

期刊名称: 作物学报

ISSN: 0496-3490

年卷期: 2025 年 51 卷 007 期

页码: 1801-1813

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: 挖掘小麦氮高效的种质和基因资源,揭示其分子机制和遗传效应,是当前小麦氮效率研究的重要内容和目标。本研究以255份不同小麦品种组成的自然群体为试验材料,对每个品种1叶1心幼苗分别进行低氮(low nitrogen,LN, 0.05 mmol L-1 NO3-)和充足供氮(sufficient nitrogen, SN, 1.00 mmol L-1 NO3-) 2个水培条件处理,培养28 d后,在低氮和充足供氮处理下测定17个表型指标,通过对55KSNP芯片进行质控过滤筛选出38,215个高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNPs)位点,结合FarmCPU、MLM以及MLM+Q+K模型进行全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)。该群体在LN和SN水平下17个表型指标比值(LS, LN/SN)的频率分布均呈正态分布,对17个LS指标进行全基因组关联分析,共检测到1161个显著位点(P≤0.001),发现有103个标记至少在2个模型中同时被检测到,有8个SNP至少关联了4个性状,其中AX-110548993(3B)和AX-111802919(4D)为新位点。2个新位点上下游5Mb范围区间内含有267个候选基因,其中位于4D染色体上的SNPAX-111802919包括3个直接参与或调控氮吸收转运的候选基因:TraesCS4D02G361500编码硝酸盐转运蛋白(NRT1.1),TraesCS4D02G362100编码锌指蛋白CONSTANS-LIKE 1, TraesCS4D02G362800编码1个GATA转录因子蛋白。

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