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基于关联分析挖掘小麦SDS沉降值相关候选基因及KASP标记开发

文献类型： 中文期刊

作者： 刘海霞 1 ; 张寅辉 1 ; 庄蕾 1 ; 郭梦娇 1 ; 赵李 1 ; 吴美娟 1 ; 侯健 1 ; 李甜 1 ; 刘红霞 1 ; 张学勇 1 ; 郝晨阳 1 ;

作者机构： 1.中国农业科学院作物科学研究所

关键词： 小麦;SDS沉降值;全基因组关联分析;候选基因关联分析;KASP标记

期刊名称： 中国农业科技导报

ISSN： 1008-0864

年卷期： 2024 年 26 卷 012 期

页码： 18-29

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： SDS沉降值是小麦品质育种的一项重要指标.对145份小麦品种的SDS沉降值进行了全基因组关联分析,在染色体3DL末端鉴定到成簇的显著信号,结合peak SNP的位置与LD衰减距离锁定587.514~589.514 Mb为候选区段;利用重测序数据(http://wheat.cau.edu.cn/WheatUnion/)发掘该区段内候选基因的变异位点,再对SDS沉降值的候选基因进行关联分析.综合关联结果、基因注释和基因表达分析,获得沉降值相关候选基因TraesCS3D03G1092400,命名为TaAGAP-3D.基于该基因的多态性SNP位点开发了可供育种利用的KASP标记Sv-3D-KASP,发现TaAGAP-3 D(C)为SDS沉降值相关的优异等位变异.研究结果将为小麦SDS沉降值的遗传改良提供有效分子标记,同时也为进一步克隆品质基因提供参考.

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