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秀珍菇全基因组SSR位点分析及其在遗传多样性评估中的应用

文献类型： 中文期刊

作者： 周思琦 1 ; 龚文兵 2 ; 夏志兰 1 ; 吴秋云 3 ; 王亚东 1 ;

作者机构： 1.湖南农业大学园艺学院

2.中国农业科学院麻类研究所

3.园艺作物种质创新与新品种选育教育部工程研究中心

关键词： 秀珍菇;全基因组;简单重复序列;碱基基序;遗传多样性

期刊名称： 湖南农业大学学报(自然科学版)

ISSN： 1007-1032

年卷期： 2023 年 002 期

页码： 176-182

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用GenBank数据库中秀珍菇（Pleurotus pulmonarius）的全基因组序列进行简单重复序列（SSR）位点挖掘。在秀珍菇PM＿ss5基因组中共检测出2348个SSR位点，相对丰度为平均1 Mb中含有59个SSR位点；所有SSR位点中，以二核苷酸SSR为主（51.8%），三核苷酸SSR次之（27.7%）；经鉴定的秀珍菇SSR位点包含141种碱基基序，优势碱基基序为GA/TC、CT/AG;SSR长度变化范围为10～156 bp，其中，10～15 bp的SSR位点占比为77.2%；在秀珍菇和其他4种侧耳属真菌基因组中，都是以短核苷酸SSR为主，秀珍菇二核苷酸SSR占比高于其他侧耳属菌株；利用筛选的53对多态性引物对18个秀珍菇菌株进行遗传多样性分析，结果发现参试菌株表现出中度遗传多样性，平均Shannon信息指数为0.38，平均Nei’s基因多样性为0.23，平均有效等位基因数为1.35。

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