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基于重测序鉴定SbHKT基因在陆地棉基因组中的插入位点

文献类型： 中文期刊

作者： 徐鹏 1 ; 郭琪 1 ; 徐珍珍 1 ; 孟珊 1 ; 陈天子 1 ; 沈新莲 1 ;

作者机构： 1.江苏省农业科学院经济作物研究所

关键词： 陆地棉;重测序;SbHKT;插入位点;侧翼序列

期刊名称： 棉花学报

ISSN： 1002-7807

年卷期： 2021 年 004 期

页码： 377-383

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】明确SbHKT基因棉花HKT-1株系的插入位点序列特征。【方法】对HKT-1株系重测序,本地BlastN比对获得插入位点处的侧翼序列,设计聚合酶链式反应（Polymerase chain reaction,PCR）特异引物验证插入位点的准确性。【结果】获得SbHKT基因插入位点处107 bp的左边界（Left border,LB）端侧翼序列HKT1＿LSEQ,122 bp的右边界（Right border,RB）端侧翼序列HKT1＿RSEQ;锚定基因组后显示SbHKT基因的插入引发了陆地棉染色体结构变异。分别根据LB和RB端侧翼序列设计PCR特异引物扩增HKT-1株系T-DNA全长,目的条带含有完整的T-DNA骨架序列以及Sb HKT基因序列,证实HKT1＿LSEQ和HKT1＿RSEQ是同一个插入位点的左右侧翼序列。【结论】基于重测序技术获得了Sb HKT基因在陆地棉基因组中的侧翼序列,建立了SbHKT基因转化体特异性检测方法。

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