文献类型： 中文期刊

作者： 鞠妍 ¹ ; 刘华淼 ¹ ; 何金明 ¹ ; 王磊 ¹ ; 赵佩 ¹ ; 张然然 ¹ ; 董依萌 ¹ ; 董世武 ¹ ; 唐丽昕 ¹ ; 邢秀梅 ¹ ;

作者机构： 1.中国农业科学院特产研究所

关键词： 驯鹿;鹿茸;高通量测序;转录组

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2020 年 47 卷 007 期

页码： 1981-1989

收录情况： 北大核心

摘要： 试验旨在通过高通量测序技术获得驯鹿的遗传信息和鹿茸组织的转录组特征,并进一步挖掘其中与鹿茸经济性状相关的关键基因信息.对驯鹿鹿茸组织提取RNA,检测RNA纯度、完整性及是否有污染,合格后构建文库,文库构建成功需要进行库检,库检合格后使用Illuminanovaseq平台进行转录组测序分析.利用Diamond、HM-MER、KAAS、Blast2GO等软件对驯鹿鹿茸转录组序列进行了功能注释、基因丰度分析和其他分析.结果显示,测序获得47818202条raw reads,经过滤和质量检查得到了46964478条clean reads,组装后得到49171个Uni-genes,表明本次测序获得了高质量的鹿茸转录组.基于序列一致性分析,Unigenes与NR、Swiss-Prot、KOG、KEGG、Pfam、GO数据库比对注释成功总共占89.54%,共44029条序列.Corset聚类后得到49171个Unigenes,在这些Unigenes中共找到13795个SNPs位点和18446个SSRs位点.GO注释结果显示22955个Unigenes得到注释,占总注释结果的46.68%.与KEGG数据库进行比对分析,发现49171个Unigenes可能参与或涉及代谢途径,其中20258个Unigenes共注释到32个KEGG代谢通路.此外,在转录组结果中发现了一些高丰度的基因,如OP N、TMSB4、TMSB 10等,它们的功能可能与驯鹿生茸有关.本试验结果不仅对驯鹿的基因组数据进行了补充,而且还初步揭示了生长期驯鹿鹿茸的基因特征,为驯鹿分子遗传学研究、资源保护与利用及种群资源恢复提供了参考.