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利用加权基因共表达网络分析筛选天农麻鸡胴体性状候选基因

文献类型： 中文期刊

作者： 赵迪 1 ; 康慧敏 1 ; 谭晓冬 2 ; 刘冉冉 2 ; 张正芬 3 ; 李华 1 ; 赵桂苹 2 ;

作者机构： 1.佛山科学技术学院生命科学与工程学院广东省动物分子设计与精准育种重点实验室

2.中国农业科学院北京畜牧兽医研究所

3.广东天农食品集团股份有限公司

关键词： 天农麻鸡;胴体性状;转录组测序;WGCNA

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2022 年 53 卷 007 期

页码： 2130-2140

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在通过转录组测序(RNA-Seq)与加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analy-sis,WGCNA)筛选慢速型黄羽肉鸡天农麻鸡胴体性状相关候选基因.本研究以104只天农麻鸡为素材,在126日龄时进行屠宰,测定胸肌重等7个胴体性状,采集胸肌组织进行RNA-Seq.基于RNA-Seq数据获得基因表达矩阵后,结合表型进行WGCNA分析,确定目标模块,筛选目标模块的枢纽基因,并分别进行KEGG通路富集、蛋白质互作网络(protein-protein interaction network,PPI)构建和相关性分析.104份胸肌组织RNA-Seq质控后获得15 092个基因的表达量.与胴体表型进行WGCNA,共得到19个模块,其中4个模块与胴体性状极显著相关.功能富集结果表明,目标模块内基因主要富集在ECM-受体相互作用、黏着力等通路.以|Module membership |>0.8、|Gene significance |>0.2为标准筛选到58个枢纽基因,并通过PPI网络构建鉴定到5个网络节点基因,整合相关性分析确定COL1A2和SPARC为最重要候选基因.本研究通过大样本量转录组分析,发现ECM-受体相互作用等通路在天农麻鸡胴体性状调控中发挥主要作用,筛选到COL1A2和SPARC是影响全净膛率性状的重要候选基因,研究结果为鉴定选育分子标记,解析胴体性状分子机制奠定理论基础,为慢速型黄羽肉鸡育种提供重要参考.

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