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1K梅花鹿基因芯片的应用

文献类型： 中文期刊

作者： 范欢欢 1 ; 王天骄 1 ; 张然然 1 ; 邢秀梅 1 ;

作者机构： 1.中国农业科学院特产研究所

关键词： 1K;梅花鹿;基因芯片;鉴别

期刊名称： 特产研究

ISSN： 1001-4721

年卷期： 2022 年 44 卷 003 期

页码： 68-72

摘要： 为了利用基因芯片对284只未知鹿进行纯种鉴别,同时对1K梅花鹿基因芯片的准确性进行评估.首先根据待测样本(体型、毛色、背线、尾斑、喉斑和臀斑)进行初步鉴别,同时提取284只待测个体的血液基因组DNA,通过1 K梅花鹿基因芯片进行基因分型,剔除检出率小于95%的SNP和个体,删除次等位基因频率小于0.05的SNP,剩余的SNP位点利用R-4.0.2中的prcomp函数进行主成分分析,使用ggplot2包进行作图.根据表型鉴定结果可看出,第1代杂交鹿有48只,第2代杂交鹿个体有50只,梅花鹿有186只,主成分分析发现第1代杂交鹿和梅花鹿分别紧密地聚集在PC1的两端,而第2代杂交鹿较为分散分布在PC1的中间位置,但大体上可以和其他两个群体区分开来,这说明芯片检测结果和表型鉴定结果基本一致,说明芯片的检测结果是准确的,1K梅花鹿基因芯片可以准确地进行梅花鹿种源鉴别.

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