叶菜型甘薯叶绿体基因组及其特征分析
文献类型: 中文期刊
第一作者: 李国良
作者: 李国良;张鸿;林赵淼;许泳清;许国春;李华伟;纪荣昌;罗文彬;邱永祥;邱思鑫;汤浩
作者机构:
关键词: 叶菜型甘薯;叶绿体基因组;SSR;系统发育分析
期刊名称: 西南大学学报(自然科学版)
ISSN: 1673-9868
年卷期: 2023 年 010 期
页码: 43-53
收录情况: 北大核心 ; CSCD
摘要: 为探明叶菜型甘薯叶绿体基因组特征及其与番薯属植物的亲缘关系,以叶菜型甘薯‘福菜薯18号’为试验材料,利用BGISEQ-500平台和Oxford Nanopore Technologies单分子测序技术对全基因组进行建库测序,并组装其叶绿体基因组.结果显示:叶菜型甘薯叶绿体基因组全长161 387 bp,具有典型的环状四分体结构,其大单拷贝区(large single copy, LSC)、小单拷贝区(small single copy, SSC)和2个反向重复序列(inverted repeat, IR)的长度分别为87 597, 12 052和30 869 bp.注释共得到132个基因,包含87个蛋白编码基因,8个rRNA基因,37个tRNA基因.在叶菜型甘薯叶绿体基因组中共搜索到54个SSR位点,其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复基序个数分别为32, 4, 3, 11, 2和2个.系统进化分析表明,叶菜型甘薯与甘薯四倍体野生种Ipomoea tabascana和二倍体野生种Ipomoea trifida具有较近的亲缘关系.
分类号: S531
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