利用简化基因组测序数据鉴定蚕豆SNP

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘庭付

作者： 刘庭付;李汉美;汪宝根;吴苏淇;李素娟;王琳琳;李国景;吴新义

作者机构：

关键词： 蚕豆;SNP;简化基因组测序;KASP

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2022 年 20 卷 004 期

页码： 1214-1221

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 蚕豆(Viciafaba L.)是中国一种重要的食用豆类作物.由于蚕豆基因组较大,尚无参考基因组,因而目前蚕豆上SNP标记数量有限.为了开发全基因组范围内的SNP,本研究对8份蚕豆地方品种进行了简化基因组测序,共获得35.47 Gb的数据,每份种质平均测序量为4.77 Gb;生成Reads总数为245 443 516个,单个Read平均长度为144 bp,单个种质获得的平均Reads数目为30 680 439.5;Q20和Q30分别大于97.89%和93.83%,GC含量变异幅度为38.05%~40.09%.利用无参考基因组情况下特殊的贝叶斯算法,从中共鉴定到3 722个SNP,单个种质上鉴定出的SNP数目 变异为3 278~3 578,其中大部分种质中纯合SNP突变数目大于杂合SNP突变数目.突变类型中,T∶A->C∶G突变类型所占的比例最大(平均38.8%),其次为C∶G->T∶A(平均28.0%),出现比例最小的为T∶A->A∶T(平均7.50%).本研究选择了 31个SNP转化为KASP标记,在46份种质中的扩增成功率为66.7%.本研究所鉴定的SNP为蚕豆种质资源鉴定、基因定位及分子育种提供了有力的遗传工具.

分类号： S643.6

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