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基于线粒体Cytb基因和D-loop区的野生与养殖小黄鱼群体遗传多样性

文献类型： 中文期刊

作者： 郭丹丹 1 ; 刘峰 1 ; 牛宝龙 1 ; 楼宝 1 ;

作者机构： 1.浙江省农业科学院水生生物研究所

关键词： 小黄鱼;线粒体DNA;Cytb基因;D-loop区;遗传多样性

期刊名称： 浙江农业学报

ISSN： 1004-1524

年卷期： 2022 年 34 卷 009 期

页码： 1856-1865

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为研究野生与养殖小黄鱼群体的遗传多样性,基于mtDNA Cytb基因和D-loop控制区对舟山嵊泗海域(SS)和象山三门口海域(SMK)2个小黄鱼野生群体和1个养殖群体(YZ)的遗传结构与遗传分化等进行比较分析.序列分析结果显示,Cytb基因序列为841 bp,其A+T含量(50.2%)与C+G含量(49.8%)相似;D-loop区序列为629~635 bp,A+T含量(58.9%)远高于C+G含量(41.1%).SS、SMK和YZ群体Cytb基因的单倍型数分别为26、27和12,SS和SMK群体共享2个单倍型(Hap1和Hap13),SMK和YZ群体共享1个单倍型(Hap41);SS、SMK和YZ群体D-loop区的单倍型数分别为27、30和10,SS和SMK群体共享1个单倍型(Hap4).多样性分析结果显示,3个群体均属于高单倍型多样性(Hd>0.5),其中,SS和SMK群体单倍型多样性和核苷酸多样性高于YZ群体,表明野生群体多样性略高于养殖群体.遗传分化指数显示,2个小黄鱼野生群体间的分化程度极小,而养殖群体与野生群体间存在中度分化.遗传分化指数和AMOVA分析结果表明,群体内个体的变异是遗传变异的主要来源.Cytb基因和D-loop区序列中性检验结果中SS和SMK群体的Tajima's D值和Fu and Li's值均为负数,且Cytb基因的Tajima's D值和Fu and Li's值显著(P<0.05)偏离中性,表明2个野生群体有可能经历过群体扩张.单倍型系统发育树显示,SS、SMK和YZ群体均未表现出明显的地理聚集,群体间互有交叉,表明3个群体间的分化尚不明显.

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