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香蕉EST-SNP标记的开发

文献类型： 中文期刊

作者： 赵涛 1 ; 王静毅 1 ; 刘菊华 1 ; 徐碧玉 1 ; 金志强 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院热带作物生物技术研究所/农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室;南京农业大学园艺学院;中国热带农业科学院海口实验站/海南省香蕉遗传改良重点实验室

关键词： 香蕉;EST序列;SNP位点;重叠群;转换;颠换;序列比对分析;遗传多样性

期刊名称： 江苏农业科学

ISSN： 1002-1302

年卷期： 2019 年 47 卷 21 期

页码： 107-110

摘要： 为发掘出一批香蕉的SNP位点、进一步研究香蕉的遗传关系、相关性状的定位等打下基础,从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的dbEST数据库下载46 665条香蕉EST序列,经生物信息学方法分析发掘EST-SNP位点,并对其所在核酸序列进行功能注释分析。通过对46 665条EST进行拼接,共得到3 490条重叠群(contigs),在含有4条以上重叠群中发现有39条重叠群中含有SNP位点,从中筛选出127个候选SNP位点,其碱基突变类型中转换、颠换分别占SNP位点总数的63.78%、36.22%。通过序列比对分析发现了34个与香蕉相关基因,证明NCBI中的香蕉EST数据库数据量大,能够发掘出SNP标记对香蕉进行品种鉴定、分类和遗传多样性分析。

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