文献类型： 中文期刊

作者： 李水根 ¹ ; 关媛 ² ; 李秀芬 ¹ ; 朱继军 ³ ; 李记开 ¹ ; 朱建军 ¹ ;

作者机构： 1.上海市农业科学院林木果树研究所

2.上海市农业科学院作物育种栽培研究所

3.上海植物园

关键词： 喜马拉雅樱花;基因组SSR;微卫星;分子标记;遗传多样性

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2022 年 024 期

页码： 8160-8169

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了开发樱属植物的基因组SSR（简单重复序列）分子标记，本研究在IlluminaNovaSeq PE平台上进行喜马拉雅樱花（Cerasus cerasoides）基因组序列勘测。利用Perl脚本MISA识别微卫星序列，并随机合成100对引物进行引物多态性筛选。选择易扩增、多态性高的引物，采用荧光标记毛细管电泳法在45种樱属植物中进行检测和遗传多样性分析。结果表明，喜马拉雅樱花基因组共存在113 571个SSR位点（≥5个重复），其中包含53.31%单核苷酸基序，36.64%二核苷酸基序，其余基序类型占比10%。在此基础上共筛选出21个SSR标记，并将其用于观赏樱属植物的遗传多态性评估，结果共检测到215个等位基因，平均每个位点10.24个等位基因，平均杂合度为0.38。采用SSR标记构建的进化树较好地反映了45种供试樱属植物之间的亲缘关系。本研究开发了全新的樱花基因组SSR分子标记，可用于樱属植物的遗传多样性分析和分子标记辅助育种。