文献类型： 中文期刊
作者： 杨闯 1 ; 王玲 1 ; 全成滔 1 ; 余良倩 1 ; 戴成 1 ; 郭亮 1 ; 傅廷栋 1 ; 马朝芝 1 ;
作者机构： 1.华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室/国家油菜工程技术研究中心/洪山实验室
关键词： 甘蓝型油菜;RNA-seq;盐胁迫;WGCNA;基因共表达网络
期刊名称： 作物学报
ISSN： 0496-3490
年卷期： 2024 年 50 卷 001 期
页码： 237-250
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 甘蓝型油菜是重要的油料作物,而盐胁迫是影响油菜生长发育的主要环境条件之一,可能会造成油菜减产、品质下降甚至死亡.本研究利用半冬性油菜ZS11 作为试验材料,对盐胁迫处理 0、0.25、0.5、1、3、6、12 和 24 h的叶片和根系组织进行转录组测序,通过测得的90份RNA-seq数据,获得了油菜响应盐胁迫的高分辨率时间动态转录表达谱.相关性分析发现,样本在盐胁迫处理 1 h前后具有明显的早期响应与后期响应的聚类差异.利用DESeq2进行差异基因分析,鉴定出根系以及叶片组织响应差异基因分别为 20,462 个和 29,334 个,表明油菜叶片组织的响应程度整体上比根系更剧烈.进一步利用 WGCNA分别构建根系以及叶片组织响应盐胁迫的基因共表达网络,从中筛选出与盐胁迫早期响应阶段显著相关的tan和yellow模块,以及与盐胁迫后期响应阶段显著相关的green和red模块,对其进行GO富集分析,并从中分别筛选出早期以及后期响应盐胁迫的核心转录因子 41 个和 26 个.功能注释显示 4个模块中均存在已知的拟南芥同源基因参与不同阶段的盐胁迫响应,还发现BnWRKY46和BnWRKY57等核心基因在505份盐胁迫处理的油菜群体变异数据中具有丰富的SNPs变异和单倍体类型,表明这些核心转录因子可能是油菜响应盐胁迫的关键候选基因.本研究可为甘蓝型油菜耐盐性改良提供可靠的数据参考和候选基因资源.
- 相关文献
[1]甘蓝型油菜发芽期的耐盐性筛选. 浦惠明,张洁夫,戚存扣,张学昆. 2013
[2]利用CRISPR/Cas9技术突变BnaMPK6基因降低甘蓝型油菜的耐盐性. 张文宣,梁晓梅,戴成,文静,易斌,涂金星,沈金雄,傅廷栋,马朝芝. 2023
[3]QTL定位结合转录组测序鉴定甘蓝型油菜角果数变异候选基因. 叶姜. 2016
[4]Analysis of weighted co-regulatory networks in maize provides insights into new genes and regulatory mechanisms related to inositol phosphate metabolism. Zhang, Shaojun,Yang, Wenzhu,Zhao, Qianqian,Zhou, Xiaojin,Jiang, Ling,Ma, Shuai,Liu, Xiaoqing,Li, Ye,Zhang, Chunyi,Fan, Yunliu,Chen, Rumei,Zhang, Shaojun,Yang, Wenzhu,Zhao, Qianqian,Zhou, Xiaojin,Jiang, Ling,Liu, Xiaoqing,Li, Ye,Zhang, Chunyi,Fan, Yunliu,Chen, Rumei. 2016
[5]Co-Expression Analysis of Fetal Weight-Related Genes in Ovine Skeletal Muscle during Mid and Late Fetal Development Stages. Xu, Lingyang,Zhao, Fuping,Ren, Hangxing,Li, Li,Lu, Jian,Liu, Jiasen,Zhang, Shifang,Zhang, Li,Wei, Caihong,Du, Lixin,Ren, Hangxing,Li, Li,Xu, Lingyang,Liu, George E.,Xu, Lingyang,Song, Jiuzhou.
[6]Constructing a comprehensive gene co-expression based interactome in Bos taurus. Chen, Yan,Zhang, Wengang,Xu, Ling,Gao, Xue,Zhang, Lupei,Gao, Huijiang,Xu, Lingyang,Li, Junya,Liu, Yining,Du, Min,Zhao, Min. 2017
[7]中国美利奴羊胚胎骨骼肌发育的加权基因共表达网络分析. 石田培,侯浩宾,王欣悦,赵志达,尚明玉,张莉. 2020
[8]利用加权基因共表达网络分析筛选天农麻鸡胴体性状候选基因. 赵迪,康慧敏,谭晓冬,刘冉冉,张正芬,李华,赵桂苹. 2022
[9]鸭胚胎发育后期胸肌萎缩相关通路及基因鉴定. 刘宏祥,朱春红,宋卫涛,陶志云,徐文娟,章双杰,王志成,李慧芳. 2023
[10]基于基因共表达网络的茶树氮素吸收关键基因挖掘. 王丽鸳,张芬,韦康,阮丽,吴立赞,成浩. 2018
[11]玉米中磷酸肌醇代谢调控网络构建及相关基因功能鉴定. 张少军. 2015
[12]基于RNA-Seq的稻瘟病菌Δznf1突变体的表达谱分析. 岳晓凤,阙亚伟,王政逸. 2016
[13]基于RNA-seq技术开发中间偃麦草基因组特异分子标记. 崔雨,鲍印广,王洪刚,李兴锋. 2016
[14]河流型水牛TGF-β基因家族鉴定及其胚胎发育早期的表达分析. 庞春英,梁莎莎,马小娅,陆杏蓉,段安琴,邓廷贤,黄韵琪,梁贤威. 2020
[15]本生烟响应蛋白激发子PevD1的差异表达基因鉴定与分析. 梁颖博,李泽,邱德文,曾洪梅,李广悦,杨秀芬. 2019
[16]肉鸡肌肉与脂肪组织基因组差异剪接基因分析. 张敏,王杰,孙艳发,钟礼鹏,李焰,许卫华,李虹仪,张茂,黄其春. 2018
[17]西瓜噬酸菌不同菌株与甜瓜幼苗早期互作的转录组学分析. 张艳艳,赵梅,杨玉文,关巍,季苇芹,白庆荣,高洁,Ron R.Walcott,赵廷昌. 2017
[18]转录组测序在林草植物抗逆性研究中的应用. 高慧娟,吕昕培,王润娟,任伟,程济南,汪永平,邵坤仲,张金林. 2019
[19]基于RNA-Seq对心肌肌钙蛋白Ⅰ R193H突变限制性心肌病小鼠转录组的分析. 干意,封叶,赵唯安,刘振国,张蕾,田杰. 2018
[20]棉花纤维发育早期RNA-Seq转录组分析. 李锡花,吴嫚,于霁雯,张金发,范术丽,宋美珍,庞朝友,喻树迅. 2013
作者其他论文 更多>>
-
基于智能手机识别的薄层色谱法快速检测油菜籽中的叶绿素
作者：郭梦帅;李泽一;肖华明;吕昕;梅德圣;王丹;姚旋;郭亮;胡琼;陈洪;魏芳
关键词：叶绿素;薄层色谱法;Image J;智能手机;定量分析
-
不同基因型向日葵芽期和苗期耐盐性分析
作者：李玉骁;谭美莲;汪磊;朱梓榕;严兴初;汪魏;王玲
关键词：向日葵;耐盐性鉴定;芽期;苗期;聚类分析
-
五倍子颗粒对靶动物蛋鸡的安全性评价
作者：李穗湘;茹梦珂;郝宝成;杨珍;刘宇;王玲;王胜义;胡庭俊;崔东安
关键词：五倍子颗粒;蛋鸡;安全性评价;单宁酸
-
基于压裂力筛选油菜抗裂角优异种质资源
作者：刘念;李浩;陈天花;侯信哲;李睿;王玲;徐宏;蔡庆澳;邓秀;朱宗河;闫贵欣;蔡光勤;伍晓明;张付贵;周可金
关键词：甘蓝型油菜;压裂力;抗裂角指数;种质资源筛选
-
外源氨基酸对层出镰刀菌菌丝生长和伏马毒素合成的影响
作者：梁文豪;胡时开;圣忠华;魏祥进;焦桂爱;邵高能;谢黎虹;王玲;唐绍清;胡培松
关键词：水稻;穗腐病;层出镰刀菌;外源氨基酸;菌丝生长;伏马毒素
-
286份甘蓝型油菜种质苗期耐盐碱性综合评价
作者：薛天源;鲁金春子;何思晓;余忆;陈敬东;文静;沈金雄;傅廷栋;曾长立;万何平
关键词：甘蓝型油菜;苗期;盐碱胁迫;种质资源筛选;综合评价
-
向日葵种质资源的耐盐性评价
作者：李玉骁;汪磊;汪魏;李军;邬雪瑞;朱梓榕;王玲;吴佳俊;谭美莲
关键词：向日葵;芽期;苗期;全生育期;耐盐性鉴定
