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水杉叶绿体基因组同义密码子使用偏好性

文献类型： 中文期刊

作者： 王茹 1 ; 罗永坚 1 ; 刘相泉 1 ; 卢新雄 2 ; 尹广鹍 2 ; 邓志军 1 ;

作者机构： 1.生物资源保护与利用湖北省重点实验室

2.中国农业科学院 作物科学研究所

关键词： 水杉;叶绿体基因组;同义密码子使用偏好性;碱基组成;自然选择;最优密码子

期刊名称： 湖北民族大学学报(自然科学版)

ISSN： 2096-7594

年卷期： 2022 年 40 卷 002 期

页码： 121-128

摘要： 水杉(Metasequoia glyptostroboides)是杉科水杉属唯一现存的孑遗种,也是我国一级保护的濒危特有树种,对其叶绿体基因组密码子使用偏好性及其主要影响因素进行分析,有利于水杉叶绿体基因组学研究、物种保护和种质创新.从在线数据库下载完整的水杉叶绿体基因组序列.共筛选出57条蛋白编码序列.总的GC平均含量和密码子第3位碱基的GC平均含量分别为37.44%和26.79%,密码子适应指数平均值为0.61,有效密码子数平均值为46.55,表明水杉叶绿体基因组密码子使用具有较弱偏好性.ENC-plot、PR2-plot分析及中性绘图分析表明,影响水杉叶绿体基因组密码子使用偏好性的最主要因素为自然选择.高频密码子有31个,高表达密码子24个,既是高频表达又是高密度表达的最优密码子有10个.

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