文献类型: 中文期刊
作者: 丁艺冰 1 ; 丁雨格 1 ; 陈凌 2 ; 王海岗 2 ; 陈喜明 3 ; 王瑞云 4 ; 乔治军 2 ;
作者机构: 1.山西农业大学农学院
2.山西农业大学 农业基因资源研究中心/农业农村部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室
3.山西农业大学 玉米研究所
4.山西农业大学 农学院
关键词: 黍子;SSR标记;主成分分析;分子身份证;DNA条形码;二维码
期刊名称: 山西农业科学
ISSN: 1002-2481
年卷期: 2022 年 50 卷 005 期
页码: 620-629
摘要: 为了系统管理和区分鉴别黍子(Panicum miliaceum)资源,建立大数据管理平台,为种质身份标识的研究与鉴定提供理论依据,实现管理的科学规范化,选取来自于华北平原、黄土高原、东北平原等不同地理区域的20份黍子材料,基于30对高基元SSR引物(6、5、4碱基各重复4、10、21对)进行遗传多样性分析;利用PowerMarker 3.25、PopGen 1.32和MEGA 5.0软件计算遗传多样性参数和遗传距离聚类,利用Ntsys 2.11和ID Analysis 4.0分别进行主成分分析和引物组合优化,利用在线条形码生成器(http://barcode.cnaidc.com/app/html/bcgcode128.php)和在线二维码生成器(http://cli.im)生成条形码和二维码DNA分子身份证.结果表明,所选取的35对引物中10对引物可作为候选核心引物,这10对引物共检测出等位变异10个,有效等位变异为2.1682~2.9851个,平均为2.6367个;Shannon多样性指数为0.8997~1.0961,平均为1.0206;观测杂合度为0.4737~0.8333,平均为0.6777;期望观测杂合度为0.5533~0.6821,平均为0.6350;Nei's基因多样性指数为0.5388~0.6650,平均为0.6173;多态性信息含量为0.5262~0.7493,平均为0.6579.用5对引物组合(RYW8、RYW12、RYW5、RYW2、RYW1)可将全部材料区分,在线二维码生成器中输入各黍子的名称、统一编号、生态区、来源、字符串等信息,成功构建了20份黍子资源的DNA分子身份证.
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