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茶树GH3基因家族的鉴定及表达分析

文献类型： 中文期刊

作者： 钱因红 1 ; 张亚真 1 ; 白培贤 1 ; 王丽鸳 1 ; 成浩 1 ; 韦康 1 ;

作者机构： 1.中国农业科学院茶叶研究所国家茶树改良中心农业农村部茶树生物学与资源利用重点实验室

关键词： 茶树;GH3基因家族;生长素;生物信息学

期刊名称： 茶叶通讯

ISSN： 1009-525X

年卷期： 2020 年 47 卷 003 期

页码： 382-392

摘要： Gretchen hagen 3(GH3)属于植物生长素早期响应基因,通过调控生长素的稳态对植物的生长发育起着重要作用.然而,关于茶树GH3基因家族的研究尚缺乏系统报道.本文通过生物信息学的方法,在茶树全基因组数据中鉴定获得20个茶树GH3家族基因(CsGH3),并对其蛋白的理化性质、基因结构、保守基序等进行分析.理化性质分析结果表明,CsGH3基因家族编码的氨基酸分子量为27.5~87.1 kD,理论等电点为4.80~8.49,蛋白质不稳定性指数为32.40~49.58;基因结构分析结果表明,除CsGH3.16没有内含子外,其他CsGH3s都具有2~6个内含子;保守结构域分析结果显示,CsGH3家族主要含有10个Motif,编码的蛋白序列均含有Motif 1、Motif 2、Motif 4和Motif 6保守基序;系统进化树分析结果显示,茶树GH3基因家族可以分为两个亚家族,每个亚族所含基因数分别为11个和9个;启动子元件分析结果显示,GH3基因的启动子元件类型主要有激素响应元件、光响应元件、胁迫响应元件以及生长发育相关元件四大类;对茶树GH3基因在8个组织中的表达分析结果显示,20个基因在不同组织中的表达量呈现较大差异,表明这些基因可能在茶树不同的发育阶段起到重要作用.本文为进一步解析单个CsGH3基因的生物学功能提供参考.

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