您好,欢迎访问中国农业科学院 机构知识库!

用宏基因组学方法研究绿肥对水稻根际微生物磷循环功能基因的影响

文献类型: 中文期刊

作者: 唐治喜 1 ; 高菊生 2 ; 宋阿琳 1 ; 王恩召 1 ; 司知远 1 ; 易可可 1 ; 黄晶 2 ; 赵士诚 1 ; 范分良 1 ;

作者机构: 1.中国农业科学院农业资源与农业区划研究所/农业农村部植物营养与肥料重点实验室

2.中国农业科学院农业资源与农业区划研究所/湖南祁阳农田生态系统国家野外科学观测研究站

关键词: 水稻根际土;绿肥;土壤微生物;磷循环;功能基因;宏基因组

期刊名称: 植物营养与肥料学报

ISSN: 1008-505X

年卷期: 2020 年 26 卷 009 期

页码: 1578-1590

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: [目的]绿肥对土壤微生物磷循环的影响受到研究者们的广泛关注,但绿肥影响土壤磷循环的微生物机理尚不明确.利用宏基因组学方法剖析长期绿肥还田对土壤磷循环功能微生物的影响,旨在阐明绿肥对土壤磷循环影响的微生物机理,为绿肥的科学利用提供依据.[方法]以中国湖南祁阳绿肥及稻草还田定位试验的水稻根际土为材料,利用宏基因组学方法,对土壤微生物DNA进行PE150(双端读长150 bp)宏基因组测序,使用MetaWRAP软件中的read_qc模块进行质控,用assembly模块megahit方法进行组装;基于组装的较长序列(>1000 bp)使用Diamond软件的BLASTX和UniProtKB/SWISS-PROT数据库进行序列比对,根据磷活化(磷酸酯矿化、膦酸酯矿化、无机磷溶解)、磷吸收(膦酸酯运输、磷酸酯运输和无机磷酸盐运输)和缺磷诱导响应调控三大类主要磷循环功能相关基因(重点关注的64个磷循环功能基因)进行筛选;再利用R语言进一步分析水稻根际土壤中磷循环功能基因相对丰度及其与土壤理化指标之间的关系,阐述绿肥对土壤磷循环功能微生物的影响.[结果]土壤pH等9个常规指标在有、无绿肥处理之间均无显著差异.无稻草还田时,绿肥处理对64个磷循环功能基因中的11个相对丰度影响显著,这11个基因广泛分布在除磷酸酯运输及无机磷溶解外的5个功能组中,其中phnA、phnN、phnV等3个基因相对丰度上升,phnI、phnL、glpB、glpO、pitA、phoA、phoP、phoU等8个基因相对丰度下降.而在稻草还田时,绿肥处理仅phnPP基因相对丰度显著降低.相关性分析显示,土壤pH与磷酸酶活性、无机磷溶解基因pqqB、pqqC、pqqCD、pqq E、pqqF相对丰度呈显著负相关(P<0.05);无机磷溶解pqqB、pqqC、pqqCD、pqq E等4个基因相对丰度分别与有效磷含量、磷酸酶活性以及有机氮含量呈显著正相关(P<0.05).冗余分析(RDA)结果表明,绿肥处理通过pH、AP以及磷酸酶活性影响磷循环功能基因.[结论]绿肥翻压下水稻根际微生物磷功能基因相对丰度深受稻草还田的影响.与单绿肥或单稻草还田相比,绿肥翻压基础上增加稻草还田对磷循环功能基因影响效果不明显,秸秆甚至减弱了绿肥对磷循环功能基因的影响,其原因可能是绿肥和稻草还田下不同微生物及不同磷循环功能基因之间存在激烈竞争.

  • 相关文献

[1]西藏米拉山高寒草甸土壤微生物DNA提取及宏基因组Fosmid文库构建. 芦晓飞,赵志祥,谢丙炎,杨宇红,冯东昕. 2009

[2]稻田土壤微生物宏基因组文库的构建. 张建萍,杨爽,余柳青. 2009

[3]农田土壤硝化反硝化作用及其对生物炭添加响应的研究进展. 赵光昕,张晴雯,刘杏认,田秀平. 2018

[4]种植利用紫云英对稻田土壤微生物及酶活性的影响. 张珺穜,曹卫东,徐昌旭,刘佳. 2012

[5]种植利用紫云英对南方稻田土壤肥力性状影响的研究. 张珺穜. 2011

[6]放牧条件下红壤草地生态系统磷素循环研究. 文亦芾,蒋文兰,赵权俊,张宁. 2007

[7]绿肥翻压方式对苹果园土壤改良和果实品质的影响. SI Peng,司鹏,HUANG Xian-gan,黄显淦,QIAO Xian-sheng,乔宪生. 2012

[8]当前绿肥种质资源保护和利用中的问题与对策. 曹卫东. 2007

[9]反刍动物瘤胃噬菌体的宏基因组学研究方法及进展. 吴祎程,冉涛,周传社,谭支良. 2022

[10]微生物宏基因组数据分析方法研究进展. 李敏,赵圣国,郑楠,王加启. 2020

[11]植物耐盐性:演化和盐基因组学. 徐涵,郭容芳,张玉苗,李蓉,肖学宸,曹子谊,王姗姗,张可轩,陈晓慧,陈晓东,陈裕坤,叶炜,叶开温,林玉玲,赖钟雄. 2020

[12]两类抗生素药剂对'纽荷尔'脐橙黄龙病菌的抑制作用及根际细菌群落结构的影响. 黄洋,关巍,王铁霖,晏建红,田二渊,刘堰凤,刘博,杨玉文,赵廷昌. 2021

[13]病毒宏基因组学分析腹泻仔猪肠道病毒群落及变异PEDV的分离和鉴定. 单同领,童光志. 2013

[14]应用宏基因组学鉴定国内第一株鸭2型腺病毒. 陈峰,招丽婵,覃健萍,周庆丰,罗玉子,林丽苗,操胜,李海燕. 2015

[15]海洋宏基因组中新壳聚糖酶的预测与分析. 程凡升,朱丹,范蓓. 2015

[16]宏基因组克隆技术. 杨雅婷,刘代成,伍宁丰. 2007

[17]基于宏基因组学方法分析施肥模式对设施菜田土壤微生物群落的影响. 马龙,高伟,栾好安,唐继伟,李明悦,黄绍文. 2021

[18]昆虫内共生菌及其功能研究进展. 郭建洋,龙楚云,刘怀,万方浩. 2014

[19]不同环境中木聚糖酶基因资源多样性及应用. 杨培龙,孟昆. 2011

[20]嗜热菌群降解偶氮染料的特性及机制. 毕欣妍,曹珂欣,黄晓倩,庄毅,郭光,田芳,丁克强,杨凤,刘翀. 2023

作者其他论文 更多>>