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中间锦鸡儿WRKY12基因克隆与生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 万东莉 1 ; 张杰 1 ; 王瑞刚 1 ; 李国婧 1 ; 万永青 1 ;

作者机构： 1.内蒙古农业大学生命科学学院内蒙古自治区植物逆境生理与分子生物学重点实验室;中国农业科学院草原研究所农业部草地生态与修复治理重点实验室

关键词： 中间锦鸡儿(Caragana intermedia);WRKY12;基因克隆;生物信息学

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2020 年 01 期

页码： 100-108

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： WRKY转录因子是植物信号网络中不可缺少的部分,是最大的调节子家族之一。本研究从中间锦鸡儿干旱转录组及基因表达检测数据中,挑选出对干旱、冷、盐、碱及ABA都响应明显的CiWRKY12基因,对其进行克隆及生物信息学分析。结果显示:CiWRKY12基因的开放阅读框为696 bp,编码232个氨基酸,含有一个典型的WRKY保守结构域,属于GroupⅡc亚族。对转录因子CiWRKY12与其它8种植物的同源蛋白的理化性质和一、二、三级结构进行生物信息学比较分析,发现这9个蛋白无规则卷曲比例较高,大部分属于不稳定蛋白;亚细胞定位预测表明大部分的蛋白定位于细胞核内;多重序列比对显示WRKY保守结构域保守性很高,其三级结构上也呈现较高的相似性,推测这9个转录因子可能具有相似的转录调控功能。通过本研究生物信息学分析将有助于对CiWRKY12深层次功能研究提供借鉴作用。

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