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普通烟草热激转录因子家族的全基因组鉴定与分析

文献类型: 中文期刊

作者: 郭存 1 ; 王奇 1 ; 李晓旭 2 ; 张震彪 1 ; 文利超 1 ; 邓智超 1 ; 初雨蒙 1 ; 刘涛 1 ; 崔萌萌 1 ; 郭永峰 1 ;

作者机构: 1.中国农业科学院烟草研究所烟草行业基因资源利用重点实验室

2.湖南中烟工业有限责任公司技术中心

关键词: 普通烟草;热激转录因子;共线性;全基因组复制;表达模式

期刊名称: 中国烟草科学

ISSN: 1007-5119

年卷期: 2022 年 003 期

页码: 47-56

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: 热激转录因子(heat shock transcription factor, Hsf)家族成员广泛参与植物生长发育和非生物胁迫的调控。本研究应用生物信息学和比较基因组学方法从普通烟草中鉴定了49个Hsf家族成员,发现这些Hsf家族成员均具有较为保守的寡聚化结构域。通过系统进化分析可将烟草和拟南芥的Hsf家族成员划分成3个分支与14个亚家族。共线性分析显示烟草Hsf基因与双子叶植物(拟南芥,番茄和葡萄)Hsf基因组成共线基因对的数量要大于与单子叶植物(水稻和玉米)Hsf基因组成共线基因对的数量。全基因组复制预测共有12个NtHsf基因可组成7条复制基因对。启动子分析发现NtHsf基因启动子区域存在着多个与非生物胁迫相关的顺式作用元件。表达模式分析证实NtHsf家族成员在不同组织的表达具有差异,并且大多数NtHsf家族成员可响应热和干旱胁迫。研究结果可为烟草Hsf转录因子家族成员的功能研究奠定生物信息学基础。

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