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假眼小绿叶蝉微卫星位点的生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 李倩 1 ; 陈学新 2 ; 韩宝瑜 1 ;

作者机构： 1.中国计量大学生命科学学院

2.浙江大学昆虫科学研究所

关键词： 假眼小绿叶蝉;基因组;微卫星;生物信息学;高通量测序

期刊名称： 昆虫学报

ISSN： 0454-6296

年卷期： 2016 年 59 卷 04 期

页码： 421-426

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】为开发假眼小绿叶蝉Empoasca vitis分子标记,采用高通量测序技术对假眼小绿叶蝉DNA进行了测序与分析。【方法】本研究基于Illumina Hi Seq测序技术,构建了PE文库(~400bp),对获得的测序数据利用生物信息学分析手段完成全基因组扫描,并进一步使用MISA分析鉴定基因组序列中出现的微卫星序列(SSR)。针对微卫星序列共设计10对引物,并使用3步法进行引物多态性筛选。【结果】共计检测Scaffold数量为183 194条,其中包含SSR的Scaffold共计1 545条,共计筛选出1 569个SSR位点。在假眼小绿叶蝉的微卫星中,共包括87种重复基元类型,二核苷酸与三核苷酸重复序列为主要重复类型,分别占SSRs总数的70.26%和27.84%;二核苷酸重复基元CA/TG和三核苷酸重复基元AAT/ATT是优势重复基元,分别占SSRs总数的33.96%和5.86%。在设计的10对引物中,5对具有多态性,在8个假眼小绿叶蝉个体中共发现16个等位基因。【结论】结果说明假眼小绿叶蝉SSR位点在多态性方面具有极大的可开发性,具有多态性的SSR位点可对假眼小绿叶蝉种群间的分化,种群间的扩散机理和途径及影响因素等问题提供分子视角。

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