文献类型： 中文期刊

作者： 李慧慧 ¹ ; 张美美 ² ; 元娜 ² ; 张龙超 ¹ ; 王立贤 ¹ ; 石丽君 ¹ ;

作者机构： 1.中国农业科学院北京畜牧兽医研究所

2.北京大伟嘉生物技术股份有限公司

关键词： 大白猪仔猪;猪流行性腹泻病毒（PEDV）;转录组;功能富集

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2023 年 010 期

页码： 4141-4149

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】猪流行性腹泻（porcine epidemic diarrhea, PED）的广泛流行给猪场造成了严重损失。现有疫苗对其变异毒株的防控作用非常有限，从宿主角度筛选的有效免疫相关分子标记仍然缺乏。本研究旨在鉴定感染和未感染猪流行性腹泻病毒（Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV）的大白猪仔猪空肠组织差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs）,为PEDV致病机制研究奠定基础。【方法】以8头未吃初乳的0日龄大白猪为试验动物，使用人工乳饲喂至3日龄，随机挑选4头进行攻毒（感染组）,其余4头作为对照组。收集感染后死亡及对照组仔猪的空肠组织进行转录组测序。通过差异表达分析筛选与病毒复制及机体免疫应答相关的基因，对DEGs进行GO功能和KEGG通路注释，并随机挑选5个DEGs进行实时荧光定量PCR验证。【结果】通过对测序数据质控、比对等分析共鉴定到16 256个蛋白编码基因（protein coding genes, PCGs）,通过差异分析鉴定到1 328个DEGs,其中629个表达上调，699个表达下调。GO功能和KEGG通路富集分析显示，上调的DEGs显著参与了106个的GO条目和36条KEGG通路，主要与有机体系统和环境信号过程有关；下调的DEGs显著参与了54个GO条目和23条KEGG通路，主要与代谢反应有关。通过对CCND2、CREBBP、EGFR、MCL1、PIK3CB进行实时荧光定量PCR检测发现，其表达趋势与转录组测序结果一致。【结论】本研究鉴定到1 328个DEGs,其中629个表达上调，699个表达下调，上调基因主要参与环境信息处理、有机体系统通路，下调基因主要参与代谢通路，为探究PEDV致病的分子机制提供了理论依据。