您好，欢迎访问中国农业科学院 机构知识库！

全部

  • 全部
  • 标题
  • 学者
  • 机构
  • 关键词

玉米低密度育种芯片开发及在种质资源评价中的应用

文献类型： 中文期刊

作者： 郭子锋 1 ; 王山荭 1 ; 刘蓓 1 ; 李文学 1 ; 王红武 1 ;

作者机构： 1.中国农业科学院作物科学研究所;中玉金标记生物(北京)技术股份有限公司

关键词： 玉米;SNP;育种芯片;种质资源

期刊名称： 植物遗传资源学报

ISSN： 1672-1810

年卷期： 2022 年 01 期

页码： 290-300

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： SNP基因分型芯片是分子育种的重要工具,高密度SNP芯片往往存在标记冗余、价格高、目标性不强等问题,是分子育种走向常规化、规模化的主要限制因素之一。本研究介绍了一款新开发的低密度育种芯片,并就芯片在种质资源评价中的价值进行了分析。首先,对37份玉米自交系进行10×重测序,获得了18.2 Mb的SNP标记,从中挑选2080个SNPs;再从已开发55 K芯片中挑选3390个缺失率低、多态性高、标记类型为高多态分辨率的标记;最后从HapMap3中挑选586个标记,设计的育种芯片共包含6056个SNPs,采用靶向测序基因型检测(GBTS,genotyping by target sequencing)技术对标记进行检测。通过自然群体、双亲群体和多亲本重组自交系(MAGIC,multiparent advanced generation inter-cross)群体验证表明,育种芯片检测到的原始设计位点数为4773～5967个,自然群体中最小等位基因频率(MAF,minor allele frequency)>0.4和多态性信息含量(PIC,polymorphism information content)>0.4的标记比例分别为57.6%和88.6%,MAGIC群体平均捕获率为70.6%。用该芯片对226份玉米种质资源进行评价,主成分分析可以将其划分为温带和热带两大类群,UPGMA聚类分析进一步将其划分为6个已知类群,分别是瑞德、兰卡斯特、PB、旅大红骨、四平头和热带类群,利用Structure软件进行群体结构分析,没有出现最佳K值,但热带材料都独立成群;类群内和类群间的遗传距离平均值分别为0.394和0.471,其中PB群内的遗传距离最小(0.316),热带类群内的遗传距离最大(0.424);类群间,瑞德与热带之间的遗传距离最大(0.493);类群间的遗传分化系数(FST)表明,PB类群与其他类群间的FST均较大。

  • 相关文献

[1]烟草青枯病抗性的全基因组关联分析. 何斌彬,耿锐梅,杨爱国,任民. 2020

[2]不同芯片密度对华西牛重要经济性状基因组评估准确性的影响. 王元清,王泽昭,朱波,陈燕,徐凌洋,张路培,高会江,李超,李俊雅,高雪. 2025

[3]玉米苗期耐盐性状的QTL分析. 张宁,李冬冬,陈阳松,任蒙蒙,王瑞,张凌霄,郑军. 2018

[4]变性高效液相色谱技术在检测猪未知多态方面的研究. 王焕岭,王恒,朱正茂,杨述林,任红艳,冯书堂,李奎. 2005

[5]基于分子标记技术辅助选择玉米杂交种后代开展种质资源创新方法研究. 从春生. 2016

[6]玉米抗灰斑病种质鉴定与QTL定位的初步研究. 曹国辉. 2008

[7]玉米耐低磷的种质资源评价及耐低磷的遗传基础研究. 张红伟. 2014

[8]黑龙江省北部玉米大斑病菌小种鉴定与育种材料抗大斑病特性分析. 杨耿斌. 2014

[9]四百八十七份玉米地方种质资源穗部性状的表型多样性. 李清超,杨珊,张登峰,刘建新,孙开利,吴迅. 2024

[10]629份国内外玉米种质及杂交种对丝黑穗病的抗性评价. 王春明,郭成,周天旺,段灿星. 2019

[11]“九五”期间玉米种质资源品质分析研究报告. 张晓芳. 2001

[12]外来种质对中国玉米生产的遗传贡献. 李海明,胡瑞法,张世煌. 2005

[13]玉米应用核心种质的构建与应用. 李永祥,李会勇,扈光辉,刘旭洋,李春辉,张登峰,黎裕,王天宇. 2023

[14]应用A-PAGE技术研究玉米自交系资源种子蛋白的遗传多样性. 杜月红,于永涛,石云素,宋燕春,黎裕,王天宇. 2007

[15]PEG胁迫下玉米苗期耐旱种质资源鉴定与评价. 王璐,邓杰,张泽,赵孟伟,车欣洋,王广义,郭旭,张海洋,贺琳,翁建峰,徐晶宇. 2024

[16]玉米种质资源抗南方锈病鉴定. 江凯,杜青,秦子惠,陈茂功,李石初,孙素丽,武小菲,郭云燕,石云素. 2013

[17]东北地区和黄淮海地区玉米种质利用模式的比较. 肖木辑,李明顺,李新海,Maria Luz GEORGE,张世煌. 2010

[18]ISSR分子标记技术在分析玉米自交系遗传关系研究中的适用性. 程春明,石云素,宋燕春,黎裕,王天宇. 2005

[19]我国常用玉米自交系光合特性的聚类分析. 赵明,王树安,王美云,李少昆. 1999

[20]热带、亚热带玉米种质的研究与利用. 李新海,李明顺,袁力行,张世煌. 2000

作者其他论文 更多>>
置顶
购物车
反馈

© 京ICP备09089781号-29 主办单位：中国农业科学院

学术资源： 中国农业科学院 农业专业知识服务系统 农科联盟资源共建共享平台 中国农业科技文献与信息服务平台 中国农业期刊集成服务平台