文献类型： 中文期刊

作者： 蒋光洁 ¹ ; 陈燕华 ² ; 郭维 ² ; 张航 ² ; 邹琳 ³ ;

作者机构： 1.重庆医科大学附属儿童医院临床分子医学中心//儿童发育疾病研究教育部重点实验室//儿童发育重大疾病国家国际科技合作基地//重庆市干细胞治疗工程技术研究中心

2.;重庆医科大学附属儿童医院临床分子医学中心//儿童发育疾病研究教育部重点实验室//儿童发育重大疾病国家国际科技合作基地//重庆市干细胞治疗工程技术研究中心

3.;重庆医科大学附属儿童医院临床分子医学中心//儿童发育疾病研究教育部重点实验室//儿童发育重大疾病国家国际科技合作基地//重庆市干细胞治疗工程技术研究中心;

关键词： 急性T淋巴细胞白血病;生物信息学;差异表达基因;转录因子

期刊名称： 南方医科大学学报

ISSN： 1673-4254

年卷期： 2018 年 03 期

页码： 261-267

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 目的筛选并验证急性T淋巴细胞性白血病关键基因,并对其进行生物信息学分析。方法从公共数据库基因表达数据库(GEO)中下载T-ALL基因表达谱芯片GSE14317,应用R软件limma包筛选差异表达基因。利用DAVID数据库对差异基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,同时利用STRING数据库及Cytoscape软件构建差异蛋白互作网络,应用JASPAR数据库构建转录因子靶基因网络,利用RT-PCR验证关键基因m RNA表达水平。结果 GSE14317表达谱芯片中共有1443个差异基因,包括800个上调基因和643个下调基因,这些差异基因主要富集在细胞周期,造血细胞系,细胞因子间相互作用以及T细胞受体信号通路等。蛋白质相互作用网络图中显示节点最多的10个枢纽基因分别是CDK1,PIK3R1,CCNB1,CCNA2,CDC20,JUN,GNG11,PLK1,PCNA和CCNB1,这些基因在子网络中分别富集于趋化因子信号通路,泛素介导的蛋白降解以及细胞周期等。转录因子调节网络显示42个差异表达的转录因子,其中ELF5,HIC2和MEIS1与候选的9个关键基因启动子上游均有结合位点。RT-PCR结果显示除GNG11外其余9个关键基因表达情况与芯片结果一致,ELF5,HIC2和MEIS1表达均升高与芯片结果一致。结论 CDK1,PIK3R1,CCNB1,CCNA2,CDC20,JUN,PLK1,PCNA,CCNB1,ELF5,HIC2和MEIS1在TALL发生中发挥重要作用,为T-ALL的治疗和诊断提供生物学靶标。