利用实时荧光定量PCR和数字PCR检测鉴定水稻细菌性条斑病菌

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张健男

作者： 张健男;王依名;张洁净;陈磊;罗金燕;易建平;李斌;安千里

作者机构：

关键词： 水稻条斑病;水稻白叶枯病;水稻黄单胞菌;保守标志蛋白;铁-粪生素受体

期刊名称： 浙江大学学报(农业与生命科学版)

ISSN： 1008-9209

年卷期： 2023 年 001 期

页码： 55-64

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 白叶枯病和条斑病是水稻重要的细菌性病害。水稻白叶枯病菌（Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo）和水稻细菌性条斑病菌（Xanthomonas oryzae pv.oryzicola,Xoc）属于同种下的2个致病变种。鉴别Xoo和Xoc对检疫和防控这2种病害至关重要。Xoo和Xoc中的铁-红酵母酸/铁-粪生素受体基因fhuE在进化过程中因不同程度地缺失而成为假基因。针对Xoc中有而Xoo中缺失的fhuE部分序列设计引物，筛选出Xoc特异引物XocFhuE-F（5’-ATCGAACGATGTCACCAGGG-3’）和XocFhuE-R（5’-AGAAACGTGCGGCCAGATAA-3’）。用XocFhuE-F/XocFhuE-R能只从Xoc菌株中仅扩增出159 bp片段，并结合荧光染料建立了SYBR Green实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR,qPCR）和EvaGreen微滴数字PCR（digital PCR,dPCR）方法来检测鉴定Xoc。在20μL反应体系中加1μL模板，qPCR检测菌悬液中Xoc的下限是1.6×10~4 CFU/mL，检测带菌种子中Xoc的下限是1.2×10~3 CFU/粒；d PCR检测菌悬液中Xoc的下限是1.6×10~3 CFU/mL，检测带菌种子中Xoc的下限是1.2×10~2 CFU/粒。综上所述，基于Xoc特异引物XocFhuE-F/XocFhuE-R建立的SYBR Green qPCR和EvaGreen dPCR为检疫Xoc和监测预警水稻条斑病提供了高效的检测方法。

分类号： S435.111.4

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