基于mtDNA和Y染色体基因片段的塔河马鹿种公鹿遗传多样性分析
文献类型: 中文期刊
第一作者: 杨苏坤
作者: 杨苏坤;董依萌;王洪亮;赵喜堂;陈旭;邢秀梅
作者机构:
关键词: mtDNA;Y染色体;塔河马鹿种公鹿;遗传多样性
期刊名称: 畜牧兽医学报
ISSN:
年卷期: 2023 年 006 期
页码: 2402-2413
收录情况: 北大核心 ; CSCD
摘要: 旨在从分子层面探究塔河马鹿种公鹿的遗传多样性和塔河马鹿的祖先类型。本研究在锯茸期采集新鲜血液并提取DNA,通过PCR扩增和直接测序的方法对38头塔河马鹿种公鹿Y染色体的AMELY2、DBY、SRY基因和mtDNA的ND1、COX1、ATP6、ND5、Cytb基因进行分析,计算碱基组成、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸差异数(K)、Tajima’D值、单倍型数量(H)以及单倍型多样性(Hd)来评估塔河马鹿种公鹿的遗传多样性;构建单倍型网络图并计算各单倍型之间的遗传距离,以白唇鹿为外群构建系统进化树,分析塔河马鹿种公鹿父母系的类型。结果显示,Y染色体的AMELY2、DBY、SRY基因比对后拼接长度为3 577 bp,共检测出17个SNPs多态位点,定义4个单倍型,优势单倍型为Hap-1,所占频率为65.79%。核苷酸多样性为0.001 95,单倍型多样性为0.495 0,遗传多样性水平较低,基于Y染色体基因构建的系统进化树显示存在A、B两大分支。mtDNA的ND1、COX1、ATP6、ND5、Cytb基因比对后拼接长度为6 160 bp,共检测出41个SNPs多态位点,定义8个单倍型,优势单倍型为Hap-1,所占频率为47.37%。核苷酸多样性为0.001 54,单倍型多样性为0.699 9,表现出高单倍型多样性低核苷酸多样性的不平衡状态,遗传多样性处于较低水平,基于mtDNA构建的系统进化树显示存在Ⅰ、Ⅱ两大分支。塔河马鹿种公鹿的遗传多样性处于较低的水平,塔河马鹿群体存在两个祖先类型。
分类号: S825
- 相关文献
[1]马DNA遗传多样性研究进展. 凌英会,马月辉. 2008
[2]家养梅花鹿品种Y染色体遗传多样性和父系遗传结构. 周盼伊,邵元臣,刘华淼,张然然,王磊,邢秀梅. 2016
[3]牦牛分子遗传多样性研究进展. 马志杰,钟金城,韩建林,徐惊涛,刘仲娜,白文林. 2013
[4]海南三亚斑节对虾野生种群mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列的多态性. 周发林,江世贵,姜永杰,黄建华,马之明. 2006
[5]中华鲟(Acipenser sinensis)间的长度变异与个体内的长度异质性. 张四明,邓怀,汪登强,张亚平,吴清江. 1999
[6]达氏鳇亲鱼群体mtDNA Cyt b基因和D-loop区的序列特征及遗传多样性分析. 孔杰,周洲,刘伟,赵凤,王金乐. 2019
[7]中国四个地方驴品种mtDNA D-Loop部分序列分析与系统进化研究. 孙伟丽,杨博辉,曹学亮,孙永峰,梁春年,刘建斌. 2007
[8]鲁西黑头羊mtDNA D-loop区遗传多样性与遗传分化研究. 王金文,崔绪奎,陶卫东,储明星,张果平,王德芹,狄冉. 2016
[9]大菱鲆引进群体与国内累代繁养群体线粒体D-loop区部分序列的遗传多态性分析. 刘滨,刘新富,刘思涛,孟振,张和森,刘奇,王峰,雷霁霖. 2013
[10]西藏牦牛mtDNAcytb基因的序列多态性及其系统进化分析. 姬秋梅. 2013
[11]中国马鹿线粒体DNA多态性分析. 邢秀梅,杨福合,张兆刚,苏伟林,李一清. 2010
[12]中国四个地方驴品种mtDNAD-Loop部分序列分析与系统进化研究. 孙伟丽,杨博辉,曹学亮,孙永峰,梁春年,刘建斌. 2007
[13]鲁西黑头羊mtDNAD-loop区遗传多样性与遗传分化研究. 王金文,崔绪奎,陶卫东,储明星,张果平,王德芹,狄冉. 2016
[14]山东省猪种mtDNA CytB基因遗传多样性及系统进化研究. 王继英,郭建凤,赵德云,王诚,张印,王怀中,武英. 2009
[15]山东猪种mtDNA D-loop区部分序列遗传多样性及系统进化研究. 王继英,郭建凤,孙守礼,王诚,张印,武英. 2009
[16]长鳍鲤mtDNA D-loop区序列结构和多态性分析. 邹芝英,杨弘,罗永巨,吴长敬,李大宇,祝璟琳,肖炜. 2013
[17]马鹿线粒体DNA序列多态性分析. 邢秀梅,杨福合,苏伟林,李一清. 2006
[18]新疆马鹿mtDNA细胞色素b多态性分析. 邢秀梅,杨福合,苏伟林,李一清. 2006
[19]中国西南地区5个地方绵羊群体mtDNA遗传多样性及系统进化研究. 管松,何晓红,浦亚斌,叶绍辉,关伟军,马月辉. 2007
[20]太湖鲢鱼mtDNA D-loop区遗传多样性. 王茂元,杨弘,邹芝英,李大宇,祝璟琳,肖炜. 2009
作者其他论文 更多>>
-
饲养密度对西门塔尔公牛增重和动物福利的影响
作者:卜也;孙芳;王洪亮;魏梓恒;刘利;许珊珊;孟祥人;赵晓川;张思琦;隋欣芯;孙晓玉
关键词:饲养密度;肉牛;西门塔尔公牛;生长性能;动物福利
-
鸢乌贼为蛋白源的方斑东风螺人工配合饲料养殖研究
作者:赵旺;陈旭;陈明强;黄星美;邓正华;温为庚;王江勇
关键词:鸢乌贼;方斑东风螺;配合饲料;生长;饲料系数
-
河南省现代化小麦良种繁育基地建设的对策措施
作者:付雪丽;王依凡;郭承亮;马文慧;陈旭
关键词:小麦;繁育基地;建设;对策;河南省
-
我国小麦种子供需现状与产业发展趋势
作者:付雪丽;景琦;陈旭;祁曙明;邱军
关键词:小麦种子;供需现状;产业发展趋势
-
红壤性水稻土有机无机复合体中碳氮特征对长期施肥的响应
作者:李浩;陈金;王洪亮;柳开楼;韩天富;都江雪;申哲;刘立生;黄晶;张会民
关键词:长期施肥;红壤性水稻土;有机无机复合体;有机碳;全氮
-
玉米籽粒直收籽粒特征与杂质分类识别方法
作者:吴昆;张敏;王刚;吴俊;陈旭
关键词:玉米籽粒;特征提取;神经网络;特征阈值
-
茶麸在克氏原螯虾养殖中的应用
作者:孙志秀;王冬梅;陈旭;王长平
关键词:茶麸;克氏原螯虾养殖;茶麸浸出液