文献类型： 中文期刊
第一作者： 康溥
作者： 康溥;任照文;蔡汝健;吕宗吉;黄育浩;王晓虎
作者机构：
关键词： 猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）;分子流行病学;贝叶斯系统动力学;系统地理学
期刊名称： 中国畜牧兽医
ISSN： 1671-7236
年卷期： 2023 年 005 期
页码： 2001-2011
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 【目的】使用贝叶斯系统动力学方法重建猪繁殖与呼吸综合征病毒2型（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus 2,PRRSV-2）谱系8毒株在广东、广西、湖南、江西和福建5个省份间的传播及遗传演化规律，为猪繁殖与呼吸综合征（Porcine reproductive and respiratory syndrome, PRRS）的针对性防控提供参考。【方法】本研究对来自上述5省所有可用的PRRSV-2的ORF5序列进行系统发育分析，选取其中的谱系8毒株，剔除重组序列及可疑序列。将空间数据结合病原体的进化与流行病学特征进行分析，利用BEAST及相关软件计算病毒的共同祖先、核苷酸替代速率及不同地理位置间可能的传播方向和迁移速率等。【结果】系统发育分析显示，南方5省猪群中流行的PRRSV-2被分为4个谱系，其中154株被鉴定为谱系8毒株。在剔除1株重组毒株和3株可疑毒株后，来自上述5省的谱系8毒株ORF5序列具有强烈的时间信号，且最佳拟合模型为GTR+I+G。贝叶斯系统动力学分析表明，5省间谱系8毒株具有2.748×10-3核苷酸替换/位点/年(95%HPD:2.053×10-3～3.428×10-3)的核苷酸替代速率，它们的最近共同祖先可能出现在2002年（95%HPD:1998-2005年）。据SPREAD3计算，广西的毒株向广东（Rate=0.876）、湖南（Rate=0.892）、江西（Rate=0.883）、福建（Rate=0.889）传播，以及部分福建毒株向广西（Rate=0.897）传播。【结论】自2005年以来，广东、广西、湖南、江西和福建5省猪群中流行的PRRSV-2具有丰富的遗传多样性，其中谱系8毒株具有较高的核苷酸替代速率，且有效种群大小在2006-2007年和2009-2013年明显上升。同时，广东、广西、湖南、江西和福建5省谱系8毒株的最近共同祖先可追溯至2002年，且以广西作为潜在发源地在该地区持续传播。
分类号： S852.651
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