基于石蒜属转录组序列的SSR分子标记开发应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李青竹

作者： 李青竹;蔡友铭;张永春;许俊旭;杨柳燕;孙翊

作者机构：

关键词： 石蒜属;转录组;SSR分子标记;指纹图谱;子代鉴定

期刊名称： 核农学报

ISSN：

年卷期： 2021 年 009 期

页码： 2002-2015

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为开发石蒜属简单重复序列（SSR）分子标记,并研究SSR引物在石蒜属内的通用性,本研究对石蒜属石蒜、忽地笑、中国石蒜、长筒石蒜、换锦花、香石蒜6个种质转录组测序,检测SSR位点并设计引物,通过PCR扩增和毛细管电泳判断引物的有效性和多态性,绘制石蒜属17个种质资源的指纹图谱并对杂交后代的真实性进行早期检测。结果表明,共获得404 481条Unigenes,利用数据库进行同源比对和功能注释,并对Unigene进行SSR位点挖掘和分析,共检测到59 612个SSR位点。其中,单核苷酸重复>二核苷酸重复>三核苷酸重复,分别占SSR总数的62.88%、20.06%和14.66%,四核苷酸及以上重复单元相对较少。选取并合成8对荧光引物进行PCR扩增,通过毛细管电泳检测发现,8对荧光引物共检测到60个多态位点,多态位点数平均为7.50,多态性信息含量（PIC）值变化范围为0.148 0～0.940 8,平均值为0.593 0。利用引物扩增带型组合法构建了石蒜属17个种资源的指纹图谱,其中引物QZ209可区分所有供试材料,并可用于杂交后代鉴定。本研究开发的SSR标记具有丰富的多态性,在石蒜属植物的资源多样性分析、杂交种鉴定及遗传图谱的构建应用中具有重要意义。

分类号： S682.29

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