不同植物CHI基因密码子使用特性及其影响因素分析
文献类型: 中文期刊
第一作者: 蒋守华
作者: 蒋守华;陈香华;李闯;贾波;李刚;刘满霞;赵祥祥;秦进华
作者机构:
关键词: 植物;CHI基因;密码子使用偏好性;影响因素
期刊名称: 扬州大学学报(农业与生命科学版)
ISSN: 1671-4652
年卷期: 2020 年 01 期
页码: 76-84
收录情况: 北大核心
摘要: 查耳酮异构酶(CHI)是类黄酮生物合成早期阶段的一个关键酶,在种皮发育和颜色形成过程中具有重要的调控作用,利用生物信息学软件分析22种植物CHI基因的密码子使用偏好性特点及其影响因素。结果表明:单子叶植物CHI基因偏好以碱基G/C结尾,而双子叶植物对碱基G/C和A/U结尾的偏好程度相似,双子叶植物具有较高的ENC值和较低的Fop值,表明双子叶植物CHI基因具有较弱的密码子偏好性; RSCU值聚类分析显示,AGG、AGA可能为植物CHI基因最优密码子;影响因素分析表明,不同植物CHI基因密码子不同位置的碱基组成差异程度较大,其偏好性主要受自然选择作用中的碱基组成(GC3s、GC12)影响较大,氨基酸平均亲水性(Gravy)对密码子使用偏好也有一定的影响;系统进化显示,大部分亲缘关系较近的物种密码子使用偏性也较相似,但某些传统分类上相似的物种存在一定的差异。
分类号: Q943.2
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