大旗瓣凤仙花与瑶山凤仙花叶绿体全基因组比较及系统发育分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陶大燕

作者： 陶大燕;宋倩;闫海霞;周锦业;关世凯;潘有强;罗述名

作者机构：

关键词： 大旗瓣凤仙花;瑶山凤仙花;叶绿体全基因组;系统发育

期刊名称： 南方农业学报

ISSN： 2095-1191

年卷期： 2022 年 53 卷 009 期

页码： 2497-2509

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]比较大旗瓣凤仙花和瑶山凤仙花的叶绿体全基因组序列,并分析凤仙花属20个物种的系统发育情况及遗传进化关系,为证实这两个分类群的早期植物学分类及其种质资源利用和遗传改良提供理论依据.[方法]基于BGISEQ-500测序平台,对大旗瓣凤仙花和瑶山凤仙花叶绿体基因组进行测序,利用Fastp软件和NOVOPlasty v.2.6.2程序对叶绿体基因组进行组装.利用CpGAVAS在线工具对叶绿体基因组序列进行注释,并使用MAFFT v.7.0、CAIcal、REPuter、MISA和FastTree等生物信息学软件进行序列比对、密码子偏性分析、重复序列定位及简单重复序列(SSRs)和系统发育分析.[结果]大旗瓣凤仙花和瑶山凤仙花叶绿体基因组长度分别为152437和152286 bp,GC含量分别为36.77%和36.80%;其中大单拷贝(LSC)区分别为83331和83212 bp,小单拷贝(SSC)区分别为17376和17312 bp,反向重复区(IRa和IRb)分别为25865和25881 bp.大旗瓣凤仙花和瑶山凤仙花叶绿体基因组均包含88个蛋白编码基因、8个rRNA基因和37个tRNA基因,且无假基因.系统发育分析结果表明,凤仙花属内的物种分类与基于系统形态学分析的早期植物学分类一致;虽然大旗瓣凤仙花和瑶山凤仙花叶绿体基因组非常接近,但二者为不同的凤仙花属种类,而不是早期形态分类学上的两个亚种水平.[结论]大旗瓣凤仙花和瑶山凤仙花为2个独立的凤仙花属种类,二者叶绿体基因组发生部分遗传变异,鉴定出的SSRs位点可用于物种鉴定和群体遗传学研究.

分类号： S681.1

  • 相关文献

[1]苜蓿属不同物种叶绿体基因组结构比较及亲缘关系分析. 田春育,李志勇,刘倩,于林清,武自念. 2021

[2]花园君子兰叶绿体基因组序列. 吴海红,李丹,冯秀丽,岳玲,赵兴华. 2023

[3]捕食线虫真菌rDNA ITS区间RFLPs分析. 祝明亮,缪作清,张克勤,刘杏忠,李天飞. 2000

[4]节丛孢属rDNA ITS区RFLPs分析. 祝明亮,张克勤,缪作清,刘杏忠,李天飞,谭仲夏. 2000

[5]植物蛋白质合成延伸因子. 陈建中,章镇,戴剑. 2002

[6]C型斜纹夜蛾核型多角体病毒X_(17)病毒株部分基因的序列分析. 刘艳荷,郭慧芳,方继朝. 2011

[7]从核糖体DNA ITS区序列研究甘蔗属及其近缘属种的系统发育关系. 陈辉,范源洪,向余颈攻,蔡青,张亚平. 2003

[8]东居延海表层水中可培养细菌系统发育与种群多样性研究. 陈晨,王小兵,赵吉睿,王瑞刚,刘惠荣,孟建宇. 2014

[9]大黄鱼热激蛋白cDNA克隆及系统发育分析. 李明云,张祖兴,邬勇,陈炯,史雨红. 2007

[10]杂色鲍肌肉萎缩症病原菌的分离鉴定及系统发育分析. 王江勇,孙秀秀,王瑞旋,苏友禄. 2010

[11]转铁蛋白及其同源类似物cDNA序列比较分析. 龙华,郑英. 2005

[12]基于多基因序列和形态性状的牡丹组种间关系(英文). 赵宣,周志钦,林启冰,潘开玉,李名扬. 2008

[13]线粒体DNA序列变异显示鸭绿江茴鱼为黑龙江茴鱼同物异名. 马波,霍堂斌,姜作发. 2008

[14]茶树炭疽病病原菌的分离与鉴定. 张莉,赵兴丽,张金峰,李帅,孟泽洪,周玉锋. 2018

[15]中国葡萄座腔菌属分类研究概况. 李文英,庄文颖. 2013

[16]广西水稻上嗜水小核菌的鉴定及系统发育研究. 魏源文,黄思良,李杨瑞. 2008

[17]香蕉突脐蠕孢叶斑病菌Brn1基因的PCR扩增与序列分析(英文). 黄思良,覃丽萍,胡春锦,余功明. 2011

[18]好氧氨氧化微生物生态学研究进展. 向燕,李建光,关梅,王金乐. 2012

[19]基于ITS序列探讨南瓜属植物系统发育. 吴宇芬,周先治,陈晟,陈阳,赵依杰. 2010

[20]不同产地瓠瓜品种ITS序列的遗传多样性分析. 赵芹,谢大森,彭庆务,罗少波,郭巨先,邓沙沙. 2014

作者其他论文 更多>>

微信小程序