基于转录组测序的赤苍藤根、茎和叶基因表达分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 韦婉羚

作者： 韦婉羚;杨海霞;何文;李恒锐;梁振华;陈会鲜;张秀芬;蔡兆琴;阮丽霞;李天元;兰秀;黄珍玲;朱艳梅

作者机构：

关键词： 赤苍藤;转录组;次生代谢;苯丙素生物合成;后修饰酶

期刊名称： 植物生理学报

ISSN： 2095-1108

年卷期： 2023 年 002 期

页码： 333-344

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为获得赤苍藤的转录组信息特征,利用Illumina Novaseq 6000高通量测序平台对赤苍藤根、茎、叶进行了无参转录组测序分析。结果获得143 412个unigene,平均长度为542.04 bp,平均GC含量为48.66%。BLAST分析表明,分别有18 787 （13.10%）、28 669 （19.99%）、19 657 （13.71%）、32 934 （22.96%）、35 228（24.56%）、26 046 （18.16%）个unigene在Swiss-Prot、Nr、Pfam、GO、KEGG和eggNOG数据库中得到注释。利用DESeq筛选差异表达基因,其中叶和根间的差异基因有20 519个,根和茎间的差异基因有12 154个,而叶和茎间的差异基因有18 498个; KEGG富集分析发现,差异基因主要富集在糖基转移酶、植物激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢以及苯丙素生物合成等代谢途径。进一步分析参与赤苍藤有效成分生物合成相关基因发现,有96个差异基因参与苯丙素生物合成途径,且主要在茎部高表达。同时获得具有氧化/羟基化功能的CYP450基因132个,具有糖基化功能的糖基转移酶基因108个。该研究在无基因组参考的情况下,探讨了赤苍藤根、茎、叶的转录组信息特征,为后期赤苍藤基因功能鉴定、次生代谢途径解析及调控机制的研究提供参考。

分类号： Q943.2

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